Этим же приказом была утверждена следующая структура ГУББ НКВД СССР:
1 отдел (по борьбе с оуновским подпольем и вооруженными бондами ОУН) (23 человека):
1 отделение (по борьбе с оуновским подпольем);
2 отделение (по борьбе с вооруженными бандами УПА);
3 отделение (по борьбе с бандитизмом на Украине);
2 отдел (по борьбе с антисоветским подпольем и вооруженными бандами, созданными и оставленными германскими разведывательными органами в Белоруссии и Прибалтике) (21 человек):
1 отделение (по борьбе с антисоветским подпольем и вооруженными бандами, созданными и оставленными германскими разведывательными органами в Белоруссии);
2 отделение (по борьбе с антисоветским подпольем и вооруженными бандами, созданными и оставленными германскими разведывательными органами в Прибалтике);
3 отделение (по борьбе с бандитизмом в Белоруссии и Прибалтике);
3 отдел (Северный Кавказ и Закавказье) (16 человек):
1 отделение (Дагестан, Северо-Осетинская, Кабардинская АССР, Грозненская область);
2 отделение (Сталинградская, Астраханская, Ростовская области, Ставропольский и Краснодарский края);
3 отделение (Грузинская, Армянская и Азербайджанская ССР);
4 отдел (Средняя Азия) (19 человек):
1 отделение (по борьбе с националистическими, повстанческими формированиями и эмиграционными проявлениями);
2 отделение (по борьбе с бандитизмом в Средней Азии);
3 отделение (по борьбе с бандитизмом и повстанчеством среди спецпереселенцев);
5 отдел (РСФСР, Молдавская и Карело-Финская ССР) (19 человек):
1 отделение (Воронежская, Горьковская, Калининская, Курская, Московская, Орловская, Пензенская, Рязанская, Смоленская, Тамбовская, Тульская, Калужская, Брянская области, Молдавская ССР, Крымская АССР);
2 отделение (Ивановская, Владимирская, Куйбышевская, Саратовская, Ульяновская, Ярославская, Ленинградская, Новгородская, Костромская, Великолукская, Псковская, Мурманская, Архангельская, Вологодская области и Коми АССР);
3 отделение (Удмуртская, Татарская, Чувашская, Башкирская, Марийская, Бурят-Монгольская, Якутская АССР, Кировская, Чкаловская, Молотовская, Челябинская, Кемеровская, Курганская, Свердловская, Омская, Томская, Тюменская, Новосибирская, Иркутская, Читинская области, Красноярский, Приморский, Хабаровский края);
6 отдел (штаб истребительных батальонов) (14 человек);
7 отдел (следственный) (13 человек);
Отделение по борьбе с дезертирством (М.Е. Гоберман) (12 человек);
Отделение связи (А.Л. Ломоносов) (12 человек);
Учетно-информацштное отделение (зам. нач. отделения — А.И. Забоев) (12 человек);
Секретариат ГУББ (и.о. нач. секретариата — Г.И. Королев) (15 человек).
Всего по ГУББ НКВД СССР — 179 человек.
9 октября 1944 г. Л.П. Берия и В.Н. Меркулов подписали совместный приказ НКВД СССР и НКГБ СССР № 001240/00380 «О мероприятиях по усилению борьбы с оуновским подпольем и ликвидации вооруженных банд ОУН в западных областях Украинской ССР», в котором, в частности, было записано следующее: «В целях успешного проведения борьбы с оуновским подпольем, обеспечения ликвидации вооруженных банд и антисоветских организаций ОУН в западных областях Украинской ССР, улучшения руководства агентурно-оперативной работой органов НКВД-НКГБ этих областей, приказываем:
Поручить народному комиссару внутренних дел Украинской ССР комиссару госбезопасности 3 ранга тов. Рясному руководство агентурно-оперативной работой по борьбе с оуновским подпольем и вооруженными бандами ОУН УНКВД-УНКГБ Львовской, Станиславской, Дрогобычской и Черновицкой областей УССР; в помощь тов. Рясному назначить народного комиссара государственной безопасности Украинской ССР комиссара госбезопасности 3 ранга тов. Савченко и начальника пограничных войск НКВД Украинского округа генерал-майора тов. Бурмак;
Возложить руководство агентурно-оперативной работой по борьбе с оуновским подпольем и вооруженными бандами ОУН УНКВД-УНКГБ Ровенской, Волынской и Тернопольской областей УССР на заместителя народного комиссара внутренних дел УССР генерал-лейтенанта тов. Строкач; в помощь тов. Строкач назначить заместителя народного комиссара государственной безопасности Украинской ССР комиссара госбезопасности тов. Есипенко и начальника внутренних войск НКВД Украинского округа генерал-майора тов. Марченкова;
Войска НКВД, выделенные для борьбы с оуновскими вооруженными бандами в западных областях УССР, дислоцировать:
Львовская область — 17 стрелковая бригада, три батальона 25 стрелковой бригады, 18 кавалерийский полк, 118 отдельный стрелковый батальон 18 стрелковой бригады, 66 и 219 отдельные стрелковые батальоны 24 стрелковой бригады внутренних войск НКВД;
Станиславская область — 19 стрелковая бригада внутренних войск НКВД;
Дрогобычская область — 210 отдельный стрелковый батальон 17 стрелковой бригады внутренних войск НКВД;
Черновицкая область — 192 отдельный стрелковый батальон 19 бригады, 237 и 240 отдельные стрелковые батальоны 23 бригады внутренних войск НКВД;
Ровенская область — 16 и 20 стрелковые бригады, 228 отдельный стрелковый батальон 21 стрелковой бригады и три батальона 24 стрелковой бригады внутренних войск НКВД;
Волынская область — 9 стрелковая дивизия (в составе 3 полков) и 189 отдельный стрелковый батальон 18 стрелковой бригады внутренних войск НКВД;
Тернопольская область — три батальона 21 стрелковой бригады, два батальона 25 стрелковой бригады, 174 и 193 отдельные стрелковые батальоны 19 стрелковой бригады внутренних войск НКВД.
Для усиления соединений внутренних войск НКВД, выделенных для борьбы с вооруженными бандами ОУН, заместителю народного комиссара внутренних дел СССР генерал-полковнику тов. Аполлонову в декадный срок дополнительно выделить и направить в распоряжение наркома внутренних дел Украинской ССР тов. Рясного два стрелковых полка и один отдельный стрелковый батальон.
Для улучшения руководства работой областных управлений НКВД Украины по борьбе с бандитизмом реорганизовать Отдел по борьбе с бандитизмом НКВД УССР в управление. Зам. наркома внутренних дел СССР комиссару госбезопасности 3 ранга тов. Обручникову и наркому внутренних дел Украинской ССР комиссару госбезопасности 3 ранга тов. Рясному в трехдневный срок рассмотреть и представить на утверждение штаты и расстановку личного состава Управления по борьбе с бандитизмом.
Тов. Рясному, Строкач, Савченко и Есипенко по получении настоящего приказа немедленно приступить к проведению следующей работы:
усилить меры репрессии в отношении членов семей активных участников оуновских организаций и банд как арестованных или убитых, так и находящихся на нелегальном положении; выселение этих контингентов производить в порядке, установленном директивой НКВД СССР № 122 от 31 марта 1944 г. (о высылке в отдаленные районы Красноярского края, Иркутской, Омской и Новосибирской областей членов семей оуновцев, активных повстанцев, как арестованных, так и убитых при столкновениях, и о конфискации их имущества);
лиц, уклоняющихся от мобилизации в Красную Армию, после задержания направлять для проверки в спецлагеря НКВД;
в работе по ликвидации оуновских организаций и банд, наряду с агентурно-осведомительной работой, широко практиковать привлечение местного населения, для чего создать при участковых уполномоченных милиции вооруженные группы содействия, вовлекая в эти группы честных советских граждан из числа членов семей военнослужащих Красной Армии, местного партийно-советского актива и лиц, пострадавших от оуновских банд;
о всех недостатках в работе местных партийных, советских и хозяйственных организаций, выявляемых в ходе преследования оуновских банд на территории западных областей УССР, своевременно информировать ЦК КП(б)У и Совнарком УССР.
Народному комиссару внутренних дел УССР тов. Рясному и начальнику Главного управления пограничных войск НКВД СССР генерал-лейтенанту тов. Стаханову обязать пограничные отряды НКВД в западных областях УССР обеспечить очистку пограничной зоны от антисоветских и бандитско-шпионских элементов.