Удержал Борис и турецкую войну, свалив всю вину за стычки с турками на вольных казаков, причем литовских. Своего атамана Кишкина, злодействовавшего под Азовом, тут же отозвал в Москву. Еще одним удачным (хотя опасным из-за претензий турок) приобретением была Грузия: в 1586 году грузинский царь Александр перешел в подданство Москвы.

Обещал Борис и помощь персидскому царю против турок, за что последний передал всю Ширванскую землю. В то же время по мере разрастания Москвы на юге Борис ставил там крепости и городки. Если он обещал новым подданным мир и безопасность, то собирался эти обещания выполнить.

Но чем больше политика разумного равновесия приносила плоды, тем больше ненавидели Годунова Шуйские. Они сделали попытку отделить Федора от Бориса. Дело в том, что у Федора не было от Ирины детей, и поскольку прецедент развода уже существовал, то бояре умоляли царя взять себе другую жену. Так они бы отстранили Годунова. Но Годунов среагировал моментально: он мягко объяснил, что у Ирины еще могут быть дети, особо ссылаясь на огромную любовь Федора к жене. А претендентку, которую бояре предлагали вместо Ирины, княжну Мстиславскую, постриг в монашки.

Борис знал, кто стоит за заговором. Очень вовремя тут появился некий слуга Шуйских, который донес, что его господа готовят измену. Всех заподозренных, и не только семейство Шуйских, судили, признали виновными (не имея ничего, кроме слухов) и отправили кого в ссылку, кого в тюрьму. Только Ивану Скопину-Шуйскому, как не замеченному в заговоре, разрешили остаться в Москве. Шестерым московским купцам-заговорщикам всенародно отрубили головы. Двоих Шуйских (один был героем обороны Пскова) тихо удавили в тюрьме.

Впрочем, опасаться нужно было не только разговоров. Годунов представлял, что угрозой будет любой неожиданный наследник. Поэтому он выманил из Европы несчастную жену Магнуса, к тому времени уже почившего, Марию с маленькой дочкой Евдокией. Мария надеялась на жениха, но получила монашество, а ее дочь, как говорили, умерла не по своей воле. Так в те времена решались династические споры.

Между тем царь Федор стал претендовать на польский престол. В 1586 году умер Баторий, и трон был свободен. Литовская партия, которая и прежде желала посадить на него Федора, теперь желала использовать удачный шанс. Желал соединить все русские, литовские и польские земли в единой державе и Борис. Так что неизвестно, по своей ли воле Федор захотел стать польским королем (а он мог, учитывая посылку литовских послов и настойчивые уговоры) или за него так решил Борис, но Федор свои претензии на престол заявил. Только условия, которые он ставил польским панам, были для панов неприемлемы.

Так что, хотя Годунов ездил на переговоры и расписывал достоинства Федора, ничего из переговоров не получилось. Ни мягкость, ни терпение, ни красноречие Борису не помогли. Польские шляхтичи выбрали на этот престол двух претендентов – шведского короля и Максимилиана.

Литовские паны в ответ бросились умолять Федора принять королевский венец по латинскому обряду (в этом была главная загвоздка: Федор от православия отступать отказался), обещая, что при согласии они пойдут всей Литвой на Краков и утвердят его на престоле силой. Федор оказался в крайне неловком положении: силой он не хотел, но изменить православию боялся еще больше.

Пока он решал, как лучше поступить (и тут Годунов тоже был бессилен), паны, даже литовские, решение приняли. Королем избрали Сигизмунда. Федор обиделся, не столько за себя, сколько за Максимилиана. Как и отец, он был сторонником австрийского двора. И даже хотел помочь Максимилиану утвердиться силой, посылал для переговоров гонцов, тратил на это деньги, но все впустую. Максимилиан престола не желал. Годунову удалось раскрыть глаза царю на этот предмет: император Рудольф купил свободу своему брату Максимилиану ценой отказа от польского престола.

В 1589 году, во время очередного тура шведских переговоров, Федор вдруг радикально изменил к ним отношение. И Борис, очевидно, тут тоже оказался бессилен. Федор дал своему послу такой наказ: не хотим ни мира, ни перемирия, если Шведы, сверх Новогородских земель, ими захваченных, не уступят нам Ревеля и всей Эстонии. Проще было сказать: мы объявляем Швеции войну.

Зимой 1590 года русское войско пошло на Нарву. Город был взят. Другая часть войска прошлась по Эстляндии до Ревеля и по Финляндии до Абова. Шведы запросили мира. Они соглашались отдать все русские крепости, а вопрос об Эстляндии предстояло решить на новых переговорах.

Федор был счастлив. Но вместо обещанных переговоров шведский король ввел новые войска. Войска были снова разбиты. Вроде бы удача сопутствовала русским, но войну со шведами использовали польские послы на переговорах о мире, которые так все еще и велись. Они обвинили Федора в нарушении соглашения о шведах и требовали снова северных русских городов. Все же договоренность была достигнута, продлив перемирие на 12 лет. Москва обещала остановить на год войну со Швецией.

Снова установился мир. И, пожалуй, благодаря взвешенной политике Годунова. Что мог наделать Федор без Бориса, показывает пример с началом шведской кампании. Но Федор слушался Бориса. Жаль только, что был слаб здоровьем. И Борис размышлял, каково станет его будущее после смерти царя. По закону наследником назовут царевича Дмитрия. К власти придут Нагие. Они не дадут Борису ни шанса. Таким образом, по мнению Карамзина, у Годунова возникла мысль убить наследника.

По Карамзину, для начала Борис распустил слух о склонности царевича к жестокости и кровопролитию: «В Москве говорили всенародно (следственно, без страха оскорбить Царя и Правителя), что сей младенец, еще имея не более шести или семи лет от роду, есть будто бы совершенное подобие отца: любит муки и кровь: с веселием смотрит на убиение животных: даже сам убивает их. Сею сказкою хотели произвести ненависть к Димитрию в народе; выдумали и другую для сановников знатных: рассказывали, что Царевич, играя однажды на льду с другими детьми, велел сделать из снегу двадцать человеческих изображений, назвал оные именами первых мужей Государственных, поставил рядом и начал рубить саблею: изображению Бориса Годунова отсек голову, иным руки и ноги, приговаривая: «Так вам будет в мое Царствование!»

Говорили и обратное, но примеров невинности и ума не приводили, так что как-то больше верится в разрубленную ледяную фигуру.

Извести младенца, по Карамзину, пытались разными путями: мамка Волохова давала ему яд и в еде, и в питье, яд не действовал; несчастные случаи не срабатывали. Тогда, говорит историк, Борис послал в Углич глядеть за Дмитрием дьяка Битюговского, «ознаменованного на лице печатию зверства», ему и было поручено устранение наследника.

Карамзин рисует картину убийства так: «15 мая, в субботу, в шестом часу дня, Царица возвратилась с сыном из церкви и готовилась обедать; братьев ее не было во дворце; слуги носили кушанье. В сию минуту Боярыня Волохова позвала Димитрия гулять на двор: Царица, думая идти с ними же, в каком-то несчастном рассеянии остановилась. Кормилица удерживала Царевича, сама не зная, для чего, но мамка силою вывела его из горницы в сени и к нижнему крыльцу, где явились Осип Волохов, Данило Битяговский, Никита Качалов. Первый, взяв Димитрия за руку, сказал: «Государь! у тебя новое ожерелье». Младенец, с улыбкою невинности подняв голову, отвечал: «Нет, старое…» Тут блеснул над ним убийственный нож; едва коснулся гортани его и выпал из рук Волохова. Закричав от ужаса, кормилица обняла своего Державного питомца. Волохов бежал; но Данило Битяговский и Качалов вырвали жертву, зарезали и кинулись вниз с лестницы, в самое то мгновение, когда Царица вышла из сеней на крыльцо…

Девятилетний Святый Мученик лежал окровавленный в объятиях той, которая воспитала и хотела защитить его своею грудью: он трепетал, как голубь, испуская дух, и скончался, уже не слыхав вопля отчаянной матери… Кормилица указывала на безбожную мамку, смятенную злодейством, и на убийц, бежавших двором к воротам: некому было остановить их; но Всевышний мститель присутствовал!»