К своей первой операции еврейские «коммандос» приступили ночью 18-го мая 1941 года.

23 человека под командованием майора Энтони Палмера из английского подразделения «Отдел спецопераций» погрузились в Хайфе на подводную лодку «Си Лайон» («Морской Лев»). Целью рейда был нефтеочистительный завод в городе Триполи, где власть принадлежала ливанской администрации французского правительства в Виши. Однако судно погибло вместе с людьми при невыясненных обстоятельствах.

Несмотря на неудачу первой акции, еврейская боевая организация ПАЛМАХ в сотрудничестве с англичанами создала морской саботажно-диверсионный отдел «Ха— Хулива Ха-Ямит». Здесь прецедентом явилось то обстоятельство, что первыми кандидатами в «коммандос» стали не добровольцы, а солдаты, направленные по приказу.

В то время все специальное снаряжение ограничивалось рыбацкими моторными лодками и индивидуальными средствами для плавания. Несмотря на это, после окончания второй мировой войны отдел провел несколько диверсионных операций против блокирующих Палестину английских войск (блокада была направлена против нелегальной еврейской иммиграции).

В 1945 году в рамках морского подразделения «Хаганы» — «Пал-Яма», была сформирована морская диверсионная команда, принявшая участие в Войне за независимость.

В 1948 году после провозглашения Государства Израиль и объединения всех полувоенных организаций в единую силу — ЦАХАЛ морские диверсанты вошли в состав ВМФ, где было создано два подразделения — боевых пловцов-ныряльщиков (командир Иосеф Дрор) и саботажно-диверсионный (командир Иохам Бен-Нун). Первую боевую операцию морские «коммандос» провели за границами своей страны — в итальянском порту Бари. Ими был атакован корабль «Лино», доставлявший из Европы в сирийские порты чешское оружие и боеприпасы.

Вначале израильтяне собирались только затопить судно. Для этого в Италию отправилась специальная группа под командованием Дрора. «Коммандос» без труда проникли в порт и прикрепили собственноручно изготовленные мины к подводной части корпуса судна, которое затонуло после взрыва. Но дело все еще не закончилось.

Когда оказалось, что груз из затопленного корабля перегружается на другой транспорт, возник план его похищения. Детали новой операции не были опубликованы. Известно только, что, несмотря на очень неспокойное море, «коммандос» захватили судно в открытом море и увели его в Израиль.

Здесь следует отметить, что в те времена израильтян вдохновляли достижения итальянцев во время Второй мировой войны. Они даже назвали свои подразделения «10-й флотилией» по образцу итальянского названия «10-я флотилия королевского флота». Некоторые из итальянских ветеранов, в частности, Фиоренто Каприоти тайно обучали подразделения спецназа израильского флота. Можно заметить и большое сходство в оснащении. Заминированные лодки, строившиеся для саботажно-диверсионного отдела, были почти полной копией итальянских взрывающихся катеров МТМ.

Первая операция диверсионных групп также напоминает итальянские. Она была приурочена к израильскому наступлению в пустыне Негев в 1948 году. Используя заминированные лодки, «морским коммандос» удалось затопить флагман египетского флота эсминец «Эмир Фарук».

После окончания первой арабо-израильской войны комиссия по вопросам обороны провела ряд совещаний о будущем 10-й флотилии. Некоторые сотрудники министерства обороны хотели создать отдел «коммандос» под руководством бывших офицеров ПАЛМАХа. Другие, в том числе офицеры флота Дрор и Бен-Нун, предлагали сохранить 10-ю флотилию, насчитывавшую 500 человек, в ее первоначальной форме.

Они рассматривали ее как особое секретное подразделение, непосредственно подчиняющееся министру обороны и выполняющее задания в сотрудничестве с разведкой. Последняя концепция победила.

В 1949 году из подразделений морских «коммандос» было сформировано соединение в составе ВМФ, получившее название «13-я флотилия». До 1959 года ее существование было строго засекречено, только позднее сведения о ней стали просачиваться в открытую печать. Тогда же бойцы флотилии получили отличительный нагрудный знак — щит и меч на фоне крыльев летучей мыши.

В последующие годы 13-я флотилия, как и весь израильский флот, действовала в условиях тяжелого дефицита средств, львиную часть которых получали сухопутные войска и авиация. Несмотря на это, командование флотилии продолжало различные исследования, направленные на увеличение боеспособности специальных сил. В частности, проверили пригодность байдарок в условиях Средиземного моря и проводили совместные учения с экипажами вертолетов. В 60-е годы основные средства были затрачены на переделку двух подводных лодок «Танан» и «Рахав» (в прошлом английские «Спринтер» и «Сангвин», приобретенные Израилем в 1958 и 1960 годах) для доставки подводных пловцов.

«Шестидневная война», начавшаяся 5-го июня 1967 года, стала триумфом израильской армии и авиации. А морским «коммандос» принесла несколько тяжелых поражений.

«13-я флотилия» приступила к действиям уже в первый день войны. В 19-00 подводная лодка «Танан» высадила на подходах к морской базе в Александрии 6 диверсантов. Они собирались атаковать суда, стоявшие в порту. Однако оказалось, что на входе и в бассейне порта патрулировали египетские катера, экипажи которых время от времени сбрасывали в воду гранаты. В таких условиях атака из-под воды была невозможна.

«Коммандос» начали отходить. Из-за сильного течения и потери ориентации пловцы на три часа опоздали на встречу с подводной лодкой, которая ушла без них. Командир группы принял решение искать укрытие на берегу. Там израильтяне собирались переждать день, а затем ночью перебраться на одно из торговых судов. Этот план не удался.

«Коммандос» обнаружили мобилизованные египетские рыбаки, несшие патрульную службу вблизи базы. Уходя от облавы, пловцы пытались добраться до английского грузового судна, но египтяне оказались проворнее. Пойманные рыбаками израильтяне были переданы военным жандармам.

Провалом закончился и рейд спецназа израильского флота на Порт-Саид. Полужесткие надувные лодки с «коммандос» на борту сумели скрытно пробраться в район порта, но оказалось, что там нет таких кораблей, ради которых стоит рисковать. Так же безуспешно завершились и рейды в сирийские порты Тартус и Латакия.

Подорванный авторитет «13-й флотилии» удалось восстановить позже, во время так называемой «войны на истощение» («войны тысячи дней»). Она продолжалась в виде малоинтенсивных стычек после окончания «шестидневной войны» до подписания 7-го августа 1970 года соглашения о прекращении огня.

В ночь на 21 июня 1969 года «коммандос» на десантных катерах атаковали радиолокационную станцию на Красном море в районе Рас-аль-Адабиа. Охрана объекта, по данным разведки, состояла из 50 солдат, вооруженных двумя зенитными орудиями.

Скрытно заняв исходные позиции, израильтяне напали на противника.

Бой продолжался двенадцать минут, в результате которого были уничтожены несколько десятков солдат противника, взорвана радиолокационная станция. После этого израильский десант без потерь вернулся на свою базу. Эта операция имела кодовое название «Мания-5».

Следующую акцию морские «коммандос» провели вместе с элитным подразделением генерального штаба — «Сайерет Маткаль». На этот раз израильская атака была нацелена на так называемый «Зеленый остров» — египетский форт непосредственно на берегу моря, на стометровом отрезке суши к югу от Суэца.

Гарнизон «Зеленого острова» составляли египетские «коммандос» и артиллерийское подразделение. Израильтяне планировали скрытно достигнуть острова, ликвидировать охрану, патрули и дежурные орудийные расчеты. Это позволило бы высадить десант специальных армейских сил и при поддержке огнем с катеров закончить операцию, которую наметили на 20-е июля.

Уже в самом начале реальность начала расходиться с планами. Подводные пловцы столкнулись с неизвестным для них сильным течением. Все солдаты штурмовой группы (50 человек) выдержали этот изматывающий ночной марафон, но страшное напряжение оставило их без сил. Приблизившись к острову, израильтяне попали под хаотичный огонь египтян, которые обнаружили опасность. В воду посыпались ручные гранаты. Однако атакующие выбрались на берег, ответили огнем и связали силы египтян.