Кроме того, захват крепости, которую они однажды уже «брали на щит», японцы считали вопросом своей национальной чести. Во время одного из штурмов (11 сентября) защитники крепости обратили внимание, что многие японцы были одеты в средневековые доспехи. От пленного японского доктора узнали, что то были представители лучших самурайских фамилий, которые слишком громко и открыто высказывали свое недовольство медлительностью действий японской армии, осаждающей Порт-Артур. И тогда адмирал Микадо предложил им самим принять «активное» участие в осаде.

Адмирал Того писал в Главную квартиру: «Неприятель, будучи долгое время отрезанным, мало-помалу начинает ощущать недостаток в провианте и боевых припасах. Давая какое угодно вознаграждение, он приглашает провозить контрабанду, поэтому немало нейтральных судов и джонок, пренебрегая опасностью, достигают цели провоза. Поэтому, с одной стороны, флот готовится на случай выхода неприятельских судов, с другой – принужден употреблять все силы на захват контрабанды». Того не знал, что командование эскадрой уже полностью отказалось от мысли прорваться во Владивосток: в море выходили только миноносцы для постановки мин заграждения, а большие корабли выходили на внешний рейд только для того, чтобы укрыться от бомбардировок. Наместник Алексеев побуждал контр-адмирала П.П.Ухтомского приступить наконец к активным действиям на море, чтобы облегчить оперативную ситуацию для Балтийской эскадры. Однако на совещании флагманов и капитанов под председательством Ухтомского было решено, что эскадра впредь оставляет намерение выхода из порта. Она всецело посвящает себя содействию армии и, постепенно разоружаясь, усиливает оборону Артура по примеру Севастополя в Крымскую войну.

24 августа в Порт-Артур из Чифу прорвалась джонка, которая доставила приказ Алексеева о смещении Ухтомского и назначении на его место командира крейсера «Баян» капитана 1-го ранга Р.Я. Вирена с производством его в следующий чин. Однако Вирен тоже не оправдал ожиданий наместника. В представленном донесении он сообщал, что если его корабли будут защищать крепость, то она выстоит. Кроме того, присутствие его отряда в Порт-Артуре вынуждает Того держать здесь значительные силы, что «облегчает проведение операций владивостокскому отряду крейсеров». По словам очевидцев событий, картина точечного расстреливания японцами наших судов, неподвижно стоящих в Западном и Восточном бассейнах, производила ужасающее впечатление: суда просто ожидали своей смерти. «Всякая надежда на выход в море и проявление нашей эскадрой какой-либо деятельности давно утрачена. Никто не верит в возможность этого, никто теперь об этом даже и не говорит. Все сознают, что роль флота закончена… Ввиду обстреливания флота офицеры его и команда отпущены на берег. Полуголодные, не имеющие приюта и пристанища, они бродят по всей крепости и принуждены с берега наблюдать ужасную картину расстреливания своих судов. Несчастные наши корабли, не принесшие никакой пользы крепости, постепенно наполняются мутной водой приливов и постепенно опускаются на илистое дно Западного бассейна». Среди матросов, которые исподволь направлялись на пополнение тающего гарнизона, родился каламбур: «У японцев – Того, а у нас никого».

24 сентября по войскам сухопутной обороны крепости был издан приказ за подписью генерал-майора Кондратенко, где, в частности, говорилось, что упорная оборона до последней капли крови, «без всякой даже мысли о возможности сдачи в плен, вызывается тем, что японцы, предпочитая сами смерть сдаче в плен, вне всякого сомнения, произведут в случае успеха общее истребление, не обращая ни малейшего внимания ни на Красный Крест, ни на раны, ни на пол и возраст, как это было ими сделано в 1895 году при взятии Артура. Подтверждением вышеизложенного может служить постоянная стрельба по нашим санитарам и добивание наших раненых, случаи которого имели место даже 22 сего сентября при временном занятии Сигнальной горы». Приказ, вспоминали осажденные, произвел на гарнизон крайне тяжелое и удручающее впечатление, поэтому он вместе с 190-м номером газеты «Новый край» по приказу Стесселя был уничтожен, но «как все запрещенное, конечно, был всем гарнизоном прочитан».

Уже к началу октября в крепости чувствовался сильный недостаток продовольствия. Мясной обед солдатам давали только 3 раза в неделю. Каждый тогда получал борщ с зеленью и треть банки мясных консервов. В другие дни давали так называемый «постный борщ», состоящий из воды, небольшого количества сухих овощей и масла. «Весь гарнизон до сих пор только и живет надеждой на выручку, хотя у некоторых начинает уже зарождаться сомнение в ее осуществлении… На душе была тоска и вместе с тем тупое озлобление на Петербургских карьеристов, на корейских лесопромышленников, на всех тех, которым так сладко жилось вдали от этих мест, где из-за них теперь лилась ручьями народная русская кровь», – писал участник осады.

В то время как Ноги готовился к третьему штурму Порт-Артура, в Маньчжурии с 22 сентября по 4 октября шли бои у реки Шахэ, которые, как считают некоторые, и решили судьбу крепости. Политическая и стратегическая обстановка требовала от русских перехода в решительное наступление. Куропаткин понимал, что отход из Мукдена – это окончательный отказ от какой-либо помощи осажденным, но целью наступления указал не разгром противника, а его «оттеснение за р. Тайцзыхэ». Наступление закончилось безрезультатно, войска понесли жестокие потери и отступили в долину реки Шахэ. Всего в сражении армия потеряла 1 021 офицера и 43 000 нижних чинов убитыми и ранеными, 500 человек попали в плен. Такую же нерешительность проявили и японцы. «Гениальный полководец – не одно заглавие его эпохи: он сам создает историю. Однако его не было на маньчжурских полях сражений, – констатировал британский военный агент при 1-й японской армии генерала Куроки генерал Ян Гамильтон. – Неспециалисты еще могут быть приведены в восхищение подвигами Куроки, но мы, военные, не должны забывать критики. Сколько раз японцы с подавляющими численно войсками стояли против врага, и соотношение сил было им хорошо известно. Однако они не решились на энергичный шаг…»

Активные действия в Маньчжурии прекратились до января 1905 года («сидение у Шахэ»), а в октябре был отозван в Петербург единственный, пожалуй, сторонник оказания помощи Порт-Артуру – вице-адмирал Е.И. Алексеев. Обязанности наместника и главнокомандующего российскими войсками на Дальнем Востоке он передал генералу Куропаткину. В ночь с 24 на 25 октября недалеко от русских окопов японцы оставили палку с запиской, в которой осажденным сообщалось об очередной неудаче русских в Маньчжурии.

4 (17) ноября начальник штаба Соединенного флота адмирал Симамура получил из Морского отдела Главной квартиры сведения о движении на восток Балтийской эскадры. В донесении говорилось, что корабли Рожественского, без сомнения, направляются в Тихий океан и могут подойти к Формозскому проливу уже в начале января 1905 года. Поэтому адмирал Того направил в штаб генерала Ноги своего флагманского офицера, которому поручил указать на необходимость скорейшего уничтожения русской эскадры в Порт-Артуре. Кроме того, Того просил, чтобы армия в первую очередь старалась овладеть горой Нирейсан, или, как называли ее русские, Высокой горой.

Гора Высокая, возвышавшаяся на 203 метра над уровнем моря, отстояла от Порт-Артура на 3 000 метров к северозападу. Хотя с ее двух вершин открывался лучший обзор Нового города и Западного бассейна порта, временные укрепления были возведены на ней только в мае, уже после начала войны. Поначалу эта возвышенность не занимала какого-то особого места в планах японцев, но отныне все их усилия были направлены на захват этого ключевого пункта.

Генерал-майор Костенко о ноябрьских боях писал следующее: «Положение крепости становилось опасным, люди постоянными боями были измучены до крайности, так как перемены не было и одним и тем же частям приходилось драться беспрерывно; резервы все иссякли и люди с одного пункта позиции перебегали на другой оказать помощь товарищам, а полевые орудия передвигались крупной рысью».