Результатом последовавших за этим мероприятий стал разрыв группы Тютюнника с Петлюрой. Тютюнника увлекла перспектива «всеобщего восстания» (при помощи «ВВС»), возглавить которое он намеревался. Заключительный этап операции разрабатывался начальником Секретно-оперативного управления ГПУ Менжинским, Артузовым, руководителями ГПУ Украины Василием Манцевым, Всеволодом Балицким и Ефимом Евдокимовым в контакте с ЦК КП(б) и Совнаркомом Украины.
17 июня 1923 г. Тютюнник и его помощники были выведены на территорию Украины и арестованы. После ареста бывший петлюровский генерал (амнистированный и получивший работу в кинематографии, где он играл самого себя в художественных фильмах) использовался в мероприятиях по разложению эмигрантских националистических кругов и компрометации Петлюры.
На последнем этапе «Дела № 39» было сорвано наметившееся объединение ультраправой националистической группировки «Украинская военная организация» (УВО) Евгена Коновальца (будущего агента спецслужб нацистской Германии, ликвидированного в 1938 г. в Амстердаме Павлом Судоплатовым, знаменитым советским разведчиком) с группой Тютюнника.
Судьбы героев «Дела № 39» сложились трагически. В 1929 г. был арестован и в следующем году расстрелян бывший атаман Тютюнник, вновь занявшийся антибольшевистской деятельностью. В 1939 г. также погибли бывшие петлюровцы, ставшие чекистами, Георгий Заярный и Петр Погиба. Были расстреляны и чекисты — руководители операции (Манцев, Балицкий, Евдокимов и Николай Николаев-Журид, прошедший от 1923 до 1938 г. карьерный путь от начальника контрразведывательного отдела полпредства ГПУ на правобережной Украине до руководителя всей контрразведки НКВД СССР и приложивший в этом качестве руку к гибели многих своих соратников по службе).
В тот же период началась продлившаяся гораздо дольше и более известная (благодаря книге Льва Никулина «Мертвая зыбь» и многосерийному художественному фильму Сергея Колосова) операция «Трест», первоначально именовавшаяся «Ярославцы». В результате этой оперативной игры чекистам удалось поставить под контроль антисоветское монархическое подполье, проникнуть в белогвардейские центры за рубежом и сдерживать их террористическую активность, обеспечить поставку дезинформации иностранным разведкам.
Каноническая версия начала операции звучит следующим образом. Осенью 1921 г. в руках чекистов оказалась копия письма белоэмигранта, бывшего корнета лейб-гвардии Конного полка Юрия Артамонова (переводчика английского паспортного бюро в Ревеле) князю Ширинскому-Шихматову, члену Высшего монархического совета в Берлине. В письме сообщалось о встрече Артамонова (выпускника Александровского лицея) с Александром Александровичем Якушевым, бывшим воспитателем Лицея, до революции — действительным статским советником и директором департамента Министерства путей сообщения.
Якушев, работавший в 1920 г. начальником Главного управления водного транспорта и помощником начальника Главного управления путей сообщения НКПС РСФСР, а с конца того же года — в Наркомате внешней торговли, рассказал Артамонову о подпольно работающих в Москве и Петрограде организациях, планирующих свержение советской власти. По мнению известного монархиста В.В. Шульгина, письмо в ВЧК попало через жену Артамонова.
Эта информация стала предметом специального обсуждения у председателя ВЧК Ф.Э. Дзержинского, который в качестве наркома путей сообщения был лично знаком с Якушевым. В итоге чекисты арестовали Якушева по обвинению в участии в контрреволюционном заговоре и шпионаже и провели с ним ряд бесед (сперва все отрицавший, Александр Александрович сознался после предъявления ему фотокопии письма Артамонова). С этого и началось планирование операции «Трест» под общим руководством начальника Особого отдела ВЧК В.Р. Менжинского.
В столицу Эстонии выехал сотрудник по особым поручениям Особого отдела ВЧК Виктор Станиславович Кияковский. Этот чекист (настоящая фамилия — Стецкевич) в 1920 г. был резидентом польской военной разведки в Петрограде (псевдоним «Вик»). Перешедший на сторону ВЧК другой польский резидент Игнатий Добржинский (Сосновский), освобожденный из тюрьмы, и польский коммунист Ежи (Юрий) Маковский убедили Стецкевича сдаться ВЧК. Брат «Вика» был коммунистом и незадолго до этого погиб на фронте, сражаясь против белых в рядах Красной Армии. «Вик», сдавшийся чекистам, сам стал коммунистом и чекистом.
В Эстонию Кияковский поехал под видом монархиста «Колесникова», с письмом Артамонову от любовницы Якушева Варвары Страшкевич, написанным ею во Внутренней тюрьме ВЧК. В Ревеле Кияковский встретился с Артамоновым и представителем генерала Врангеля в Эстонии В.И. Щелгачевым. Так был установлен контакт «московских монархистов» с белоэмигрантами.
Кияковский, ставший вскоре начальником 4-го отделения КРО, предложил «смелый план организации крупной легенды, которая, подкупив штабы лимитрофных государств качеством сведений о Красной Армии, в последующем своем развитии при помощи штабов должна подмять под себя все зарубежные монархические центры и навязать им тактику, разработанную ГПУ, которая гарантирует им разложение от бездействия на корню».
Инициатор операции Кияковский вскоре отошел от участия в ней. После разрыва с женой он неудачно стрелялся. После лечения возглавлял резидентуру советской разведки в Финляндии, работал в полпредстве ОГПУ в Нижне-Волжском крае в Саратове и погиб в 1932 г. в Монголии на боевом посту главного инструктора ОГПУ при Государственной внутренней охране МНР.
В связи с этим куратором «Треста» стал помощник начальника КРО Владимир Андреевич Стырне.
Легендированная организация была создана в Москве сотрудниками ОГПУ и их агентами под названием «Монархическая организация Центральной России» (МОЦР). В действительности не существующая, она «включала» в свой политсовет видных деятелей царской России: одного из бывших руководителей военной разведки и контрразведки Генштаба генерал-лейтенанта Николая Михайловича Потапова (псевдоним «Волков»), нефтепромышленника Мирзоева, балтийского барона Остен-Сакена и других. Председателем политсовета «был назначен» А.А. Якушев («Федоров»), а главой МОЦР — генерал от инфантерии царской армии, известный военный историк Андрей Медардович Зайончковский, также завербованный чекистами (осведомителем органов госбезопасности была также его дочь Ольга Попова-Зайончковская, «освещавшая» крупных военных деятелей, среди которых у нее были широкие связи). По мнению некоторых историков, «Трест» консультировал бывший товарищ министра внутренних дел и командир Отдельного корпуса жандармов генерал-лейтенант В.Ф. Джунковский, еще в 1918 г. привлеченный Дзержинским к сотрудничеству с ВЧК.
14 ноября 1922 г. по заданию Контрразведывательного отдела ГПУ Якушевым, уже освобожденным к тому времени из тюрьмы, был установлен контакт с руководителями Высшего монархического совета в Берлине. Этот орган действовал с 1921 г. во главе с бывшим крайне правым депутатом Государственной думы Н.Е. Марковым-2-м (его дочь, медик Лидия Шишелова, оставшаяся в России, стала сотрудницей Спецотдела ОГПУ). ВМС и действовавшие с ним в контакте части бывшей «белой армии», находившиеся в то время под командованием генерал-лейтенанта барона Петра Врангеля в Югославии, поддерживали в качестве претендента на российский престол великого князя Николая Николаевича, двоюродного дядю Николая II. Свержение советской власти, по убеждению лидеров монархистов, могло осуществиться только путем террора против активных большевиков.
Информация о дееспособности МОЦР и ее политической платформе, а также протокол якобы проведенного в РСФСР в марте 1922 г. «Съезда монархистов» позволили прийти к заключению соглашения о сотрудничестве деятелей эмиграции с монархическим подпольем в России. Были организованы представительства «Треста» в Париже, Ревеле, Варшаве, Кенигсберге. Якушев сообщил Маркову о сильных позициях МОЦР в Красной Армии («до 25 % в западных районах, от 15 до 18 % в Москве и Петрограде», в том числе такие известные военачальники, как С.С. Каменев, П.П. Лебедев, М.Н. Тухачевский, который «числился» в составе «Треста» до конца 1923 — начала 1924 гг., до получения указания высших советских руководителей о выводе последнего из операции, что и было сделано под предлогом осложнения его отношений с Зайончковским, «не допускавшим» его к «активной деятельности» в организации). Позднее, уже в марте 1927 г., перед концом операции, польской разведке был передан доклад Тухачевского, ставшего к этому времени начальником Штаба РККА, наркомвоенмору и председателю РВС СССР К.Е. Ворошилову, в котором, наряду с дезинформацией, для убедительности имелись и подлинные данные.
