Никон пользовался полным доверием царя Алексея Михайловича, человека крайне набожного, чья природная склонность поступать как положено усугублялась греческими прелатами, рисовавшими ему лестные картины возрождения под его началом Византийской империи. При его поддержке Никон внес немало изменений в обряды, ввел новое престолосложение, новую форму символа и иконописи. Он отменил многогласие, то есть обычай одновременного читания и пения разных частей литургии. Однако он пошел и дальше того, вознамерившись создать на Руси подлинное христианское общество путем подробного регламентирования повседневной жизни простого народа. Никон со своими сторонниками следили за соблюдением строгих правил поведения, запрещавших карточную игру, пьянство, сквернословие и распутство, и требовали, чтобы каждый россиянин проводил в церкви четыре-пять часов в день. Никон был настолько близок к царю Алексею, что, уезжая на войну, тот возлагал на патриарха ведение государственных дел. Благодаря дружбе с царем Никон смог восстановить на время равновесие между церковью и государством.

Никон был, однако, весьма тяжелым человеком, своевластным, бестактным и подчас очень жестоким. Сперва он своими реформами восстановил против себя широкие массы духовенства, а затем вызвал злобу виднейших царедворцев, раздраженных его повелительными манерами и тем, что он присвоил себе часть державной власти. При дворе против него строили козни, надеясь рассорить его с царем. Мало-помалу Алексея убедили, что патриарх и в самом деле переступил границы своих полномочий, как утверждали его недруги, и царь заметно охладел к Никону. В надежде повлиять на царя Никон ушел с патриаршества и отправился в монастырь. Но тут он не рассчитал, ибо царь обманул его ожидания и не явился молить о прощении; вместо этого он выжидал, ничего не предпринимал, а патриарший престол оставался незанятым.

В конце концов, Алексей созвал в 1666 г. церковный собор, на который пригласил видных церковных деятелей из Греции, чтобы разрешить его разногласия с Никоном и высказать свое мнение о его реформах. Защищаясь от выдвинутых против себя обвинений, Никон высказал новую (для православия) идею о главенстве церкви над государством:

Хочеши ли навыкнути, яко священство и самого царства честнейший и больший есть начальство ... царие помазуются от священническую руку, а не священники от царские руки... Царь здешним вверен есть, а аз небесным ... священство боле есть царства: священство от Бога есть, от священства же царства помазание.. Священство всюду пречестнейше есть царства... [Н. Ф. Каптерев, Патриарх Никон и царь Алексей Михайлович, Сергиев Посад, 1912, т II, стр. 181-3].

Никону не удалось убедить собор, который подтвердил традиционную идею «симфонии»; царь имеет право управлять всеми своими подданными, включая и духовенство, и церковной иерархии, вплоть до патриарха, следует подчиняться ему во всех вопросах, исключая догматические. В то же самое время собор поддержал никоновские реформы, приведшие русскую церковную жизнь в большую сообразность с греческой.

Решения синода по вопросам веры были отвергнуты немалой частью мирян (духовенство же быстро повиновалось). Почти сразу же от официальной церкви начали отпадать приходы, отказавшиеся принять требуемые изменения и предпочитавшие жить по-старому. В 1670-х гг. пошли слухи о приближающемся конце света, и верующие целыми общинами бежали в леса, ложились в гробы или сжигали себя живьем. Считают, что во время этого религиозного психоза самосожжение совершили по меньшей мере 20 тысяч человек. Иные фанатики-староверы даже поговаривали о том, чтобы спалить всю Россию.

Интенсивная религиозная жизнь в России начинается в массовом масштабе именно с раскола. Диссидентство, из-за своих анархических обертонов содержавшее большую привлекательность для крестьянства, заставляло каждого православного сделать выбор между официальной церковью и раскольниками и самим фактом такого выбора твердо занять определенную религиозную позицию. Те, кто решал присоединиться к расколу, должны были принять и множество других решений, касавшихся не только обряда, но и всего их жизненного поведения, и так шаг за шагом втягивались в религию более личного и духовного порядка. По мнению иностранцев, раскольники были единственными из русских православных, знакомыми со Св. Писанием и способными рассуждать на религиозные темы. Приверженность расколу обходилась недешево в смысле и денег и правительственных притеснений, которые иногда обращались в прямые преследования. Русских религиозных диссидентов обычно делят на две основные группы — староверов, называющих себя старообрядцами и зовущихся раскольниками официальной церковью, и сектантов. Первых особенно много в таежных районах; они отвергают никоновские реформы и придерживаются старых обрядов, но во всех прочих отношениях остаются вполне верны православию. Вторые более или менее сознательно отходят от догматики и обряда православной церкви и создают новые религиозные формы, которые иногда стоят ближе к раннему протестантизму, чем к православию. Они традиционно более многочисленны на Украине.

Для староверов реформы Никона отождествлялись с пришествием Антихриста. Путем каббалистических вычислений они заключили, что Антихрист придет в 1699 — 1700 гг., а конец света наступит тремя годами позже. Когда Петр в 1698 г. вернулся из заграничного путешествия и, вместо того, чтобы идти в церковь, принялся резать бороды и казнить взбунтовавшихся стрельцов, многие из которых были приверженцами раскола, могло показаться, что пророчество это сбывается. В это время множились самосожжения и прочие проявления mania religiosa. Когда конец света не наступил, перед староверами встал мучительный вопрос: как оставаться правоверными христианами в мире, которым правит антихрист? Наиболее острой виделась проблема священников и таинств. Староверы признавали, только священников, рукоположенных до никоновских реформ. Такие священники с самого начала составляли меньшинство, а теперь вымирали. Столкнувшись с этой сложностью, движение раскололось на две партии — поповцев и беспоповцев. Когда подходящих духовных лиц больше не осталось, приверженцы первой партии согласились принимать священников, рукоположенных официальной церковью, и в конце концов помирились с нею. Более радикально настроенные беспоповцы решили дело по-иному. Некоторые заключили, что раз воцарился антихрист, в посредниках между человеком и Богом нужды больше нет, и пусть теперь каждый христианин верит сам по себе. Другие совершали лишь те таинства, которые были открыты для мирян. У последних самая большая сложность касалась свадебного обряда, бесспорно таинства, требующего услуг лица, посвященного в духовный сан. Они выходили из этого затруднения либо вообще отрицая, что свадьба относится к таинствам, и совершая ее без священника, либо оставаясь безбрачными. Сторонники крайностей доказывали, что в мире, которым правит Антихрист, на христианах лежит обязанность грешить, поскольку это уменьшает общее количество разлитой в мире греховности. Они предавались свальному греху, часто в форме дохристианских обрядов, все еще сохранявшихся в деревне. Раскольники-беспоповцы, как и многие другие религиозные диссиденты, имели склонность метаться между аскезой и дионисийскими излишествами. Некоторые из них думали, что Наполеон есть мессия, пришедший избавить Россию от Антихриста, и поклонялись ему, в связи с чем в крестьянских избах XIX века можно было увидеть портрет французского императора , приколотый к стене рядом с иконами. Со временем беспоповцы выросли в числе за счет поповцев, которые постепенно слились с господствующей церковью. Царство их лежало в далеких северных лесах, на территории бывшей новгородской республики, в Карелии, по берегам Белого моря и в Сибири. Они объединялись в дисциплинированные общины со своим управлением и оказались отличными колонистами. После того, как Петр обложил их двойной подушной податью, многие староверы занялись торговлей и промышленностью и выказали на этих поприщах блестящие способности. Они пользовались репутацией самых честных дельцов в России.