В мартовской книге «Современника», в № 4 «Свистка», Добролюбов дополнил свою статью об иллюзиях, разрушенных розгами, стихотворением Конрада Лилиеншвагера под названием «Грустная дума гимназиста лютеранского исповедания и не Киевского округа», представляющим собой подражание популярному стихотворению Лермонтова «Выхожу один я на дорогу»:

Статья об иллюзиях и стихотворение вызвали сильный шум в либеральной печати, старавшейся под видом защиты Пирогова облить помоями «мальчишек», позволяющих себе учить старших и перестраивать жизнь. Пирогов напечатал в своих «Циркулярах» «Отчет о следствиях введения правил…», где заявляет, что правила «были не поняты, искажены и представлены в превратном виде». Не прячась за своих директоров и педагогов, он берет вину на себя и откровенно говорит об умеренности своих общественно-политических взглядов, о своем примирении с существующим строем, которому он полностью подчиняется, хотя и не сочувствует:. «Никто не давал нам права преобразовывать наши школы и заменять в них бюрократизм другим, более рациональным началом воспитания… Мог ли я созывать комитет для составления правил, противоречащих господствующему началу в наших учебных заведениях, тогда как изменить его не имею никакого права?.. Читая журнальную полемику и возражения, сделанные и публицистами, и педагогическими советами, и некоторыми наставниками (по моему требованию), я, удивляясь, опрашивал себя: Кого хотят удивить крайностью убеждений, идеальностью взглядов, тонкостью логического анализа?». Оправдывая своих педагогов их «неприготовленностью», Пирогов пишет, что он смотрел на правила, как на подготовительную меру к лучшему порядку вещей, что он хотел «только регулировать систему известных и употребительных уже наказаний в наших школах, применяясь к существующему еще порядку вещей», так как изменить этот порядок он не мог: «на то у нас не было ни права, ни средств». Пространно рассуждая о правилах и предлагая педагогам применять их разумно, Пирогов не касается в своем обширном отчете принципиальной стороны вопроса, выдвигаемой Добролюбовым на первый план, и только в заключительной части с удовольствием пишет: «Опыт показал, что вражды между учениками, которую предсказывали журнальные статьи, не было и следа, и виновные безропотно подчинялись приговорам суда».

Так отчитался Пирогов перед обществом в связи с полемикой, вызванной его «Правилами». Добролюбов счел излишним снова выступать против Пирогова. В Петербурге было уже известно желание правительства расстаться с знаменитым попечителем, конечно, не по тем причинам, которые вызывали недовольство Добролюбова.

Александр II всегда считал Пирогова человеком вредным во всех отношениях. Затея с воскресными школами, которые поддерживал Пирогов, прямо-таки ужасала царя. Жандармы перехватили письмо революционера Митрофана Муравского, который с группой товарищей преподавал в таких школах. В январе 1861 года Муравский писал из Киева: «У нас все мерзость, кроме Пирогова. Это человек в полном смысле слова». А киевский попечитель, вместо надзора за такими лекторами, предлагал предоставить сыновьям податных классов, в том числе и крестьянам, доступ в университеты.

Император за обедом со своими придворными возмущался этим проектом Пирогова. Один из придворных блюдолизов, Павел Муханов, после этого обеда писал своему брату в Варшаву: «Государь разговаривал о цензуре. Он вовсе не одобряет проект Пирогова о всяческом облегчении доступа в университет, так, чтобы все желающие в него вступить, даже и крестьяне, не подвергались экзамену. Государь оказал, что тогда будет столько же университетов, сколько и кабаков».

Через несколько дней после этого министр просвещения Е. П. Ковалевский просил государя назначить Пирогова товарищем министра, объясняя, что только знаменитый профессор сумеет своим влиянием остановить развивающееся среди студенчества революционное брожение. Царь в ответ на это потребовал немедленного перевода Пирогова из Киева. Ковалевский предложил Пирогову должность члена совета министра, добавив, что надеется (вскоре предоставить ему другой руководящий пост.

Пирогов понял, что «наш добрый государь» вовсе не «желает провозглашать в стране царство суш», и решил подать в отставку без перехода в архивный совет министра. 13 марта 1861 года царь с радостью подписал отставку Пирогова. Не желая огорчать своих придворных либеральных друзей, которые так много заботились о Нем, Николай Иванович счел нужным объясниться с баронессой Раден. «Зачем я стану упорствовать в моих попытках быть полезным отечеству моею службой? Разве они не убедили меня в том, что во мне нехватает чего-то, чем необходимо обладать, чтобы быть приятным и казаться полезным. Я могу оказать, положа руку на сердце, чаю, вступив на скользкий путь попечителя округа, я старался всеми силами и со всею, свойственной моей душе энергией, оправдать пред сваям отечеством высокое доверие, мне оказанное».

Киевское либеральное общество не знало об этих извинениях Пирогова перед его «высокими доверителями», а если бы знало, не обратило бы на это внимания. Пирогову были устроены грандиозные проводы, описанию которых посвящались отдельные брошюры и статьи в газетах и журналах.

В этих речах и статьях было несколько выпадов против Н. А. Добролюбова. Либералы старались при этом случае показать, что им чужда подчеркиваемая «Современником» реакционная сущность «великой крестьянской реформы». Вместе с тем они пытались представить настоящими врагами народа «журнальных крикунов и мальчишек», мешающих благим намерениям доброго государя и поддерживающих своими дерзкими выступлениями противнике реформ. Добролюбов решил разоблачить либеральных друзей народа и напечатал в восьмой книге «Современника» за 1861 год статью «От дождя да в воду». «Очищая прощальную дорогу знаменитому хирургу и педагогу, — писал Добролюбов, — нашли, что минута триумфального удаления его будет очень удобна для того, чтобы бросить несколько «комкав грязи в темного журналиста, осмелившегося когда-то жестоко «отозваться об одном из распоряжений г. Пирогова». «Ради самого (дела» критик решается «снова поднять старый вопрос»..

«Нисколько не интересуясь» ругательствами по его адресу и недобросовестными обвинениями, Добролюбов подчеркивает, что он выступал против Пирогова только во имя принципа; Он увидел, что «напрасно считал возможным для одного человека победу над мрачною средою, окружающею всех нас… Суровый опыт говорит нам постоянно, что под давлением нашей среды не могут устоять самые благородные личности». После выступлений защитников Пирогова Добролюбов видит, что действительно допустил в своей статье об иллюзиях ошибку: «Мне следовало в десять раз усилить ту часть статьи, где говорилось о гибельном влиянии среды». Затем критик переходит к только что совершившемуся освобождению крестьян, отмечая, что это освобождение только «формальное». Вообще же всякое дело реформы «могло бы пойти успешно только тогда, когда бы Пирогов ли или кто другой, натравил все свои усилия на решительное и коренное изменение того положения, которое оказалось препятствием для г. Пирогова на пути более широких реформ». В заключение Добролюбов выражает пожелание, чтобы его поняла молодежь: «В людях молодых и свежих все же больше силы, даже для того, чтобы не стыдясь прежних увлечений, перейти к новым требованиям».