В числе этих чужаков был Пирогов, приглашенный в академию через профессора К. К. Зейдлица — друга Жуковского и ученика Мойера. Пирогову было тесно в Дерпте, ему хотелось расширить и углубить преподавание медицины. Условием своего перехода в академию он поставил учреждение при кафедре хирургии новой для того времени госпитальной клиники. Проект был принят, но перевод Пирогова в академию затормозил Уваров, который сначала не хотел отпускать Николая Ивановича из Дерптского университета по своим национально-шовинистическим расчетам, а потом не велел выпускать его из своего ведомства по прихоти самодура. Переписка по этому поводу велась ровно год. Уваров буквально издевался над Пироговым и довел его до нервных припадков. Победил в конце концов Клейнмихель.

18 января 1841 года Пирогов был назначен профессором Медико-хирургической академии и вторым помощником старшего доктора военного госпиталя, превращенного в госпитальную клинику. В последнем назначении сказалась первая интрига академических реакционеров. Пирогов в своем проекте намечал для себя, как заведующего кафедрой права старшего врача и главного распорядителя госпитальной клиники, благочестивые христиане из академии устроили ему должность второго помощника, правильно рассчитав, что такое положение создаст беспокойному профессору много затруднений, я надеясь, что он не выдержит длительной борьбы.

Старым профессорам академии, товарищам и однокашникам по семинарии кавалера Ивана Рклицкого, было обидно читать в одном из проектов Пирогова о том, что его «цель способствовать возведению врачебного искусства в отечестве на равную степень совершенства с медициной в образованнейших странах Европы; отделить шарлатанизм, обман, слепой предрассудок и безусловную веру в слова учителя от истины, составляющей основу науки».

«В наших госпиталях, — писал Пирогов, — недостает еще взаимной связи человеколюбия. Огромному прекрасно устроенному телу наших больниц недостает еще тесной связи с душой — наукой. Надо облагородить госпиталь, привести его к истинному идеальному назначению, соединить в нем приют для страждущего вместе с святилищем науки. Только отчетливостью в действиях, только гласностью врачебной деятельности можно спасти искусство от слепого навыка, от нашего навось». Надо подчинить действия врачей строгому надзору и неумолимым приговорам ученой критики».

Пирогова увлекала борьба во имя «оригинальности и самобытности» отечественной науки; он хотел, чтобы русский народ в этом отношении не только не отставал от Запада, но и опередил его. Старые академики также добивались самобытности отечественной науки, но другими мерами и ради других целей. Иногда они тоже ссылались на Европу. Когда Пирогов, в интересах правильной постановки медицинского образования, предложил учредить при академии анатомический институт, — его противники доказывали ненужность этого новшества: «Не нужно нам институтов. Никогда у нас в России не было таких (институтов. Если бы от них была польза, давно бы немцы их завели», — говорил один из них, убеждая военного министра отклонить проект Пирогова. «Академия учреждена для приготовления лекарей в определенный срок, а усиленные занятия практической анатомией нанесут ущерб занятиям прочими предметами», — доказывали другие вред пироговских затей. «Новый способ подготовки врачей и профессоров внесет раздор в профессорскую среду, — добавляли третьи. — Будут недоразумения и столкновения между директором института и другими профессорами, преподающими предметы, входящие в круг учения института».

Проект Пирогова действительно грозил нарушением того семейного начала, которое объединяло академиков-семинаристов. По установившемуся в академии обычаю профессора ее приготовляли себе помощников и преемников тем же порядком, каким подготовляли себе заместителей сельские священники в их родной черниговской губернии, где приходы передавались от тестя к зятю, от отца к сыну или от дяди к племяннику. Так поступил профессор Загорский, подготовивший себе заместителя в лице своего племянника Буяльского; профессор Буяльский, в свою очередь, подучил хирургическому искусству своего племянника Нарановича и устроил его своим помощником; таким же образом профессор Савенко подготовил на кафедру своего двоюродного брата Хоменко, а Пелехин своего зятя Калинского.

Борьба завязалась серьезная. Старые профессора были заинтересованы в ней материально. Их доходам грозила большая опасность. Их беспокоила увеличивающаяся со дня на день врачебная практика Пирогова, приехавшего в Петербург с репутацией чудесного доктора. К Николаю Ивановичу приходили больные с самыми разнообразными заболеваниями, в числе его пациентов были люди всех классов и всех слоев населения — от полунищих крестьян из пригородов до членов царской семьи. Полнейшая доступность знаменитого профессора, простота его, редкое бескорыстие, доброта и ласковость в обращении с детьми привлекали к нему общую любовь и создали огромную известность. Слава Пирогова распространялась быстро. Через полгода после переезда его в Петербург находившийся тогда в Новгороде в служебной ссылке Александр Иванович Герцен писал своему другу, архитектору А. Л. Витберту, по поводу его припадков падучей болезни: «Побывайте у доктора Пирогова, Это человек, стяжавший европейскую славу, глубоко ученый врач. Полагаю, он вам даст хороший совет».

«Черниговцы», — как назвал Пирогов группу старых профессоров Медико-хиругической академии — знали, что делали, когда провели постановление о подчинении Пирогова по его клинике главному доктору Военно-сухопутного госпиталя. Должность эту занимал статский советник Лоссиевский, который сразу же повел против Пирогова борьбу: приказал не отпускать лекарств по рецептам профессора без подтверждения главного доктора; выдавал суррогаты вместо прописанных Пироговым лекарств; подговаривал больных отказываться от операции у Пирогова, а после операции подавать жалобы на самовольное оперирование их профессором и т. п. Николаю Ивановичу это стоило много нервов и здоровья.

Наконец «черниговцы» подбили Лоссиевского на выходку, возможную только в эпоху, когда сам царь мог объявить П. Я. Чаадаева сумасшедшим за статью, признанную оскорбительною для национального шовинизма. «Прошло уже два года моей госпитальной службы, — пишет Пирогов, — как вдруг однажды Лоссиевский вызывает моего ассистента и ординатора госпиталя Неммерта и спрашивает его: не заметил ли он чего особенного в моем поведении. Неммерт говорит, что нет. «А почему же он прописывает в таких больших приемах наркотические средства?» «Я не знаю, — отвечает Неммерт. — Спросите сами у профессора».

Тогда Лоссиевский призывает Неммерта в госпитальную контору и приказывает ему как подчиненному расписаться в принятии запечатанного пакета с надписью «секретно». Неммерт берет. В секретной бумаге значилось: «Заметив в поведении г. Пирогова некоторые действия, свидетельствующие об его умопомешательстве, предписываю вам следить за его действиями и доносить об оных мне. Гл. д-р Лоссиевский».

Получив бумагу, Неммерт принес ее Пирогову, и Николай Иванович с этой бумагой немедленно отправился к попечителю академии, дежурному генералу Веймарну, заявив ему, что подает в отставку, если всему этому вопиющему делу не будет дано хода.

На другой день утром Николая Ивановича пригласили в контору госпиталя, и там разыгралась, по его словам, «истинно позорная сцена». Лоссиевский, в парадной форме, со слезами на глазах, дрожащим голосом, подняв руки к небу, просил у Пирогова извинения за свою необдуманность и дерзость, уверяя, что впредь он никогда не даст ему ни малейшего повода к неудовольствию.

К такого рода каверзам присоединились страдания Пирогова от болезней, одолевавших его во время работы в академия. Вызывались они антисанитарными условиями и тяжелой обстановкой, в которых он находился. Обычным местом его занятий были старые бани при госпитале; в них, за неимением других помещений, он производил вскрытия трупов, иногда до 20 в день в летние жары; а весною, во время ледохода, переезжал ежедневно по два раза на Выборгскую сторону, пробиваясь иногда часа по два между льдинами.