Манифестом 24 октября 1817 г. Министерство народного просвещения даже соединено было с ведомством духовных дел, т. е. с ведомством Святейшего Синода; министром народного просвещения и духовных дел назначен был князь Голицын. Это соединение двух ведомств объяснялось в манифесте такою целью, чтобы «истинно христианское благочестие всегда служило основанием просвещению умов». Для Учебного комитета была составлена инструкция, в которой указывалось, какое направление должно было получить народное образование. Последнее должно быть направлено к тому, чтобы «посредством лучших учебных книг водворить постоянное и спасительное согласие между верою, ведением и разумом», т. е. между религиозным сознанием, между образованием умственным и между порядком политическим. Эти добрые начала, которые составляют идеал всякого образования, практически были разработаны так, что «вера, ведение и разум» почувствовали себя еще большими врагами, чем прежде.

В числе бойких сотрудников Сперанского во время его деятельности в Государственном совете был некий Магницкий, кончивший курс не без успеха в Московском университете, а потом служивший в гвардейском Преображенском полку. Магницкий этот пал вместе со Сперанским в 1812 г., но потом раскаялся в своих увлечениях и, заняв должность симбирского губернатора, показал большую ревность в противоположном, нелиберальном направлении. Эта ревность не по разуму послужила даже причиной потери губернаторского места. Почуяв перемену ветра, Магницкий поступил на службу по Министерству просвещения и стал членом Главного управления училищ. До министра дошли слухи о том, что преподавание в Казанском университете идет по ложной дороге; назначена была ревизия университета и ревизором послан Магницкий. Он налетел на университет, пошарил кое-что, пробыл всего шесть дней в Казани и, воротившись, доложил, что университет, по всей справедливости и строгости законов, подлежит уничтожению, притом в виде публичного его разрушения. Император положил на доклад резолюцию: «Зачем разрушать, можно исправить». Исправлять университет был послан тот же Магницкий, назначенный попечителем Казанского округа, для чего при его участии составлена была инструкция ректору и директору Казанского университета (директор соответствовал нынешнему инспектору). Инструкция утверждена была в 1820 г., она направлена была к тому, чтобы поставить преподавание и студентов на прямую дорогу. Главный порок, замеченный Магницким в преподавании, – это «дух вольнодумства и лжемудрия», грозящий разрушением общественному порядку. Магницкий с инструкцией в руках возвратился в Казань, чтобы поставить преподавание, как он говорил, на началах Священного союза.

Инструкция для начальства Казанского университета, данная Магницкому, определяла подробно направление преподавания каждого предмета и быт студентов; она получает значение даже факта в истории нашего просвещения, потому что применена была и к другим университетам. Магницкий, рассматривая списки почетных членов Казанского университета, с ужасом встретил имя аббата Грегуара, который, как известно, был депутатом Конвента и подавал голос за смерть Людовика XVI. По недосмотру университет забыл зачеркнуть это завалявшееся имя. Магницкий и выставил его ребром как доказательство маратизма и робеспьерства, овладевшего Казанским университетом. Инструкция указывала, как и по каким руководствам должны быть преподаваемы предметы университетского курса, например, философия должна руководиться более всего посланиями апостола Павла, начала политических наук должны быть извлекаемы из творений Моисея, Давида и Соломона и, только в случае какого недостатка, – из сочинений Аристотеля и Платона. Преподаватель всеобщей истории должен был меньше говорить о первоначальном обществе и должен был показать, как от одной пары все человечество развилось. Преподаватель русской истории обязан был показать, что при Владимире Мономахе Русское государство упреждало все прочие государства на пути просвещения, и он должен был доказать это законодательством Мономаха о народном просвещении, хотя инструкция не указывала, из каких источников преподаватель должен был извлечь известие об этом законодательстве. В таком духе направлено было преподавание всех предметов.

Определен был точный порядок жизни студентов, значительная часть которых, по тогдашнему устройству высших заведений, жила в самом университете. Так как главная обязанность христианина состоит в повиновении властям, то начальство должно было по инструкции являть пример наистрожайшего подчинения. Директор, наблюдавший за студентами, подбирает штат богобоязненных помощников, наводит у полиции справки о домашней жизни студентов, живших не в университете. Казеннокоштные студенты устроены были в иноческую общину, в которой должны были господствовать столь строгие нравы, сравнительно с которыми строго устроенные женские институты казались распущенными. Студенты распределялись не по курсам, а по степеням нравственного содержания; каждый разряд жил в особом этаже университетского здания, обедали отдельно, чтобы порочные не могли заражать. Если студент провинится, то он должен вынести известный курс нравственного исправления. Он назывался не виноватым, а грешным; его сажали в особую комнату, называемую «комнатой уединения» (в позднейшем переводе эта комната называется карцером). Окна и дверь этой комнаты были заставлены железной решеткой; над входом виднелась надпись из Священного Писания; в самой комнате на одной стене висело распятие, на другой – картина Страшного суда, на которой наказываемый должен был отметить будущее место свое среди грешников. Студента вводили в комнату в лаптях, в крестьянском армяке; он должен был находиться в комнате, пока исправится. В продолжение его заключения товарищи каждое утро перед лекциями должны были молиться за него; заключенного каждый день посещал священник, который по окончании курса испытания исповедовал и причащал его.

Течение университетской жизни получило духовную, монашескую окраску; этой окраской отличались и некоторые лекции. На торжественных актах пелись духовные гимны, читались речи все о нравственном совершенстве, согласовании образования с истинами веры; эти почтенные слова помыкались на каждом шагу. Некоторые преподаватели, входя в дух инструкций, согласно с нею перестраивали свои курсы, даже те курсы, которые по содержанию своему имели мало отношения к вопросам веры и нравственности. Один преподаватель даже задумал построить чистую математику на принципах нравственности, и в этом направлении читал однажды речь, доказывая, что математика вовсе не содействует развитию вольнодумства, подтверждая высочайшие истины веры. Например, как без единицы не может быть числа, так и мир не может быть без единого Творца. Гипотенуза в прямоугольном треугольнике есть не что иное, как символ соединения земного с Божественным, горнего с дольним. Доносы сами собою входят в воспитательную программу как дополнительное средство надзора. Профанация святыни сопровождалась развитием лицемерия и легкомысленнейшего отношения к предметам, которыми вообще дорожат все.

Подобное направление проводилось и в других университетах. В Петербургском университете, на первых шагах его деятельности по преобразованию его в университет, это направление вызвало даже соблазнительный процесс четырех профессоров, который наделал много шуму в свое время. Процесс состоял в том, что четыре профессора: философии – Галич, всеобщей истории – Раупах и статистики – Герман и Арсеньев – заподозрены были в неблагонамеренном направлении и подверглись суду, столь несправедливому и беспорядочному, что высшее правительство отвергло его решение, а в следующее царствование прекращен был и самый процесс. Впрочем, все четыре профессора были уволены, а это были самые благонамеренные и консервативные преподаватели, отличавшиеся от других только тем, что больше знали. Их благонамеренность даже была оценена преемником Александра Николаем, который одного из преподавателей – Арсеньева – назначил преподавателем своего старшего сына.