В июле 1940 года Коротков (под псевдонимом «Степанов») получил задание выехать в Берлин всего на один месяц и восстановить связь примерно с десятью законсервированными агентами. Задание, учитывая такой короткий срок и напряжённую обстановку в Германии, было нелёгким.

Коротков без особых осложнений встретился с «Брайтенбахом» (сотрудником гестапо Леманом). Они сразу достигли взаимопонимания и провели четыре встречи. На второй «Брайтенбах» передал копию доклада Гейдриха руководству рейха «О советской подрывной деятельности против Германии» и подробно описал реорганизацию немецких спецслужб, что позволило нашей разведке скорректировать свои действия. Но дальнейшая работа Короткова с ним не планировалась, и он вывел его на связь с молодым сотрудником резидентуры Журавлёвым.

После этого Коротков (носивший для немцев имя Александр Эрдберг) приступил к восстановлению других связей. Среди них были вошедшие в историю участники берлинской «Красной капеллы» Арвид Харнак («Балтиец», он же «Корсиканец»), Харро Шульце-Бойзен («Старшина», о нём см. очерк), Адам Кукхов («Старик») и другие.

Арвид Харнак, экономист, ответственный сотрудник министерства экономики, сначала не поверил Короткову. Тот, в нарушение принятых в разведке правил, вынужден был, положив его на дно своей машины, привезти в посольство, и только там, в непрослушиваемой комнате, они наши общий язык. «Корсиканец» доложил, что у него есть шестнадцать информаторов, людей разного общественного положения, профессий и даже политических взглядов, объединяемых ненавистью в фашизму. Среди них философ и драматург Адам Кукхов, скульптор Курт Шумахер, служащий министерства авиации, старший лейтенант Харро Шульце-Бойзен, друг и единомышленник Харнака, также имеющий ряд информаторов, и другие. Но с ними Коротков установил связь позже, пока же она поддерживалась через «Корсиканца».

Затем Коротков восстановил связь с Гансом Генрихом Куммеровым («Фильтр») и Эрхардом Томфором.

После этого для доклада начальству о проделанной работе он был вызван в Москву, где он провёл два месяца. А потом его направили в Берлин уже в длительную командировку, которая, однако, продлилась всего полгода.

Основной задачей, которую устно поставили перед Коротковым руководители разведки, было выявление планов гитлеровского руководства о сроке нападения на СССР. В письменном задании этого пункта не было — ведь Сталин был убеждён, что Гитлер нападать в ближайшие два-три года не собирается.

18 апреля 1941 года во все европейские резидентуры поступила директива активизировать работу с агентами на случай возможной войны. Однако и она была подписана не наркомом Меркуловым, а лишь заместителем начальника разведки Судоплатовым. А тем временем от «Старшины», «Корсиканца» и других источников поступила информация о подготовке и даже сроках немецкого наступления. Однако судя по реакции Москвы, в Центре недостаточно объективно оценили опасность складывавшейся ситуации.

Официальным резидентом внешней разведки был Амаяк Кобулов, приближённый Берии. Но фактически все «нервные узлы» находились в руках Короткова. К нему поступала вся информация, получаемая другими разведчиками, и он готовил письма и шифровки в Москву. Но оттуда не было никакой адекватной реакции!

В такой ситуации Коротков решился на беспрецедентный шаг. 20 марта 1941 года он лично написал письмо Берии. Оно хранится в личном деле Короткова. Видимо, от волнения он перепутал дату, поскольку письмо датировано 20 марта 1940 года.

В нём Коротков чётко излагает сообщения агентуры, главным образом, «Корсиканца», «Старшины», «Брайтенбаха», и поступившие из других источников, об угрозе немецкого нападения в мае 1941 года. Ответа не последовало, письмо было подшито к делу. Единственная реакция — «добро» на запрашиваемый Коротковым для «Корсиканца» продуктовый подарок.

Короткову приходилось поддерживать регулярную связь с тремя основными агентами — «Корсиканцем», «Старшиной» и «Стариком». Это было очень опасно для всех них. Но выхода не было: он являлся самым опытным и квалифицированным сотрудником резидентуры.

Только в апреле Центр забил тревогу по поводу создания надёжной связи с агентурой в военное время, независимых радиоточек, подбора радистов и т. д. Времени оставалось в обрез. Были высланы деньги и рации с радиусом действия до Бреста — Белостока (а этот район будет захвачен немцами в первые же дни войны). Между тем не все, даже в разведке, верили, что скоро начнётся война. Об этом свидетельствует, например, такой факт: в деле «Переписка с берлинской резидентурой», хранящемся в архиве СВР, последний подшитый документ гласит: «Разрешаем сотруднику резидентуры т. такому-то нанять няню для ребёнка из местных жителей с такой-то оплатой».

После начала войны и описанных выше событий вместе с другими сотрудниками посольства Коротков вернулся в Москву. Она встретила его плохим известием: связь с группой Шульце-Бойзена прервалась, так как немцы заняли все города, где были принимающие радиостанции. Надо было восстанавливать связь, а также готовить новых агентов для засылки в Германию.

Попытки переправить связных в Берлин по тем или иным причинам закончились безрезультатно. Пришлось обратиться за помощью к военным. Нелегал ГРУ Гуревич («Кент») сумел из Бельгии добраться до Берлина и восстановить связь. Но произошла трагедия: шифровка, в которой для Гуревича сообщались адреса, фамилии наших агентов и пароли, была перехвачена немцами и расшифрована. Так начался крах берлинской «Красной капеллы». Шульце-Бойзен, Харнак, Шумахер и другие её участники — несколько десятков мужчин и женщин, были схвачены гестапо и повешены или гильотинированы. До своей гибели они всё же успели передать через «Кента» ценную информацию о планах немцев под Москвой осенью 1941 года и наступательных планах лета 1942 года.

Короткову и его людям удалось подготовить и заслать в немецкий тыл несколько разведывательно-диверсионных групп, состоявших из пленных и перебежчиков. Одна из них под руководством унтер-офицера Хайнца Мюллера провела в Берлине несколько дерзких операций и 25 апреля 1945 года встретилась с советскими войсками.

До конца войны Коротков вылетал в Афганистан, Югославию, Румынию для проведения разведывательных операций.

В самом конце войны Короткову было поручено сопровождать и обеспечивать безопасность германской делегации, прибывшей 8 мая 1945 года в Берлин для подписания акта о безоговорочной капитуляции. Его можно увидеть на фотографиях, запечатлевших это событие: стоящий за спиной Кейтеля, склонившегося над актом, моложавый, стройный советский офицер — Александр Коротков, покинувший Берлин в июне 1941 года и с триумфом вернувшийся в мае 1945-го.

Начались послевоенные будни. Коротков налаживал разведывательную работу в Германии, создавал заново агентурную сеть, устанавливал связи с союзниками. Он провёл много операций, в частности, по обмену пленного германского адмирала Редера на власовских генералов Малышкина и Жиленкова, которых позже судили вместе с Власовым, а затем повесили; по обнаружению и вывозу в СССР предприятий и специалистов ракетостроения; по выявлению скрывавшихся нацистских преступников…

В 1946 году Коротков вернулся в Москву, он был назначен заместителем начальника внешней разведки и одновременно руководителем нелегальной разведки, и оставался на этом посту до 1957 года. За это время Коротков подготовил десятки разведчиков-нелегалов. Он был «крёстным» супругов Михаила и Галины Фёдоровых, Де лас Эрас Африка (см. очерк о ней), Михаила и Анны Филоненко, Конона Молодого, Мориса и Леонтины Коэн (см. очерк), Вилли Фишера — Рудольфа Абеля (см. очерк) и многих других.

В марте 1957 года Александра Короткова назначили представителем КГБ СССР при МГБ ГДР. Это не было понижением — противостояние ФРГ и ГДР стало в это время одним из основных факторов «холодной войны».

В обязанности Короткова входила не только организация агентурной сети на территории ФРГ (главными объектами были ведомство генерального канцлера, МИД, министерство обороны, спецслужбы, политические партии), но и налаживание взаимодействия со спецслужбами ГДР — тактичное и деликатное дело, где нужно было проявить себя настоящим дипломатом. К чести Короткова надо сказать, что он стал не только сотоварищем руководителей ГДРовских спецслужб, но и другом. Он умел найти подход и к министру Мильке, и к руководителю разведки Вольфу, неприязненно относившимся друг к другу.