Согласно п. 1.10. Постановления Правительства РФ от 28 июля 2005 г. № 452 «О типовом регламенте внутренней организации федеральных органов исполнительной власти», руководитель Россельхознадзора организует работу Россельхознадзора и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Россельхознадзор полномочий и функций, проводит совещания с заместителями Руководителя Россельхознадзора, начальниками управлений Россельхознадзора, руководителями управлений Россельхознадзора по субъектам Российской Федерации (далее – территориальные органы Россельхознадзора) и руководителями подведомственных организаций, на которых определяет задачи, стоящие перед Россельхознадзором, дает поручения по оперативным вопросам, рассматривает ход выполнения программ и планов деятельности Россельхознадзора, поручений Президента РФ, Правительства и Министерства РФ, а также осуществляет иные полномочия, установленные законодательством Российской Федерации и «Положением о Россельхознадзоре». Руководитель Россельхознадзора распределяет обязанности между своими заместителями и предоставляет им соответствующие полномочия, приказом возлагает на одного из своих заместителей временное исполнение обязанностей Руководителя на время своего отсутствия в связи с болезнью, отпуском или командировкой.

Командирование и уход в отпуск Руководителя Россельхознадзора осуществляются по согласованию с Министром сельского хозяйства Российской Федерации. Руководитель Россельхознадзора издает приказы для осуществления деятельности центрального аппарата Россельхознадзора, его территориальных органов и подведомственных организаций.

Заместители Руководителя обеспечивают руководство и организацию работы по осуществлению функций и реализации полномочий Россельхознадзора в соответствии с Положением о Россельхознадзоре, регламентом Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору, распределением обязанностей между актами и поручениями Министерства, Руководителя Россельхознадзора.

Заместители Руководителя Россельхознадзора назначаются на должность и освобождаются от должности Министром по представлению Руководителя Россельхознадзора и подчиняются Руководителю Россельхознадзора.

Заместители Руководителя в соответствии с распределением обязанностей (п. 1.14 Постановления):

1) взаимодействуют (в том числе в письменной форме) с соответствующими федеральными органами исполнительной власти, Аппаратом Правительства и другими органами государственной власти и организациями;

2) координируют и контролируют работу соответствующих управлений Россельхознадзора;

3) проводят совещания с заинтересованными органами исполнительной власти и организациями по вопросам осуществления в закрепленной сфере деятельности функций по контролю и надзору, а также по иным вопросам;

4) дают поручения начальникам управлений Россельхознадзора;

5) организуют деятельность подведомственных Россельхознадзору организаций;

6) рассматривают направленные в Россельхознадзор обращения, согласовывают проекты актов и другие документы, подписывают заключения на них;

7) согласовывают (визируют) подготовленные в управлениях Россельхознадзора проекты актов Министерства;

8) осуществляют иные полномочия, устанавливаемые законодательством Российской Федерации.

По поручению Министра участвуют в мероприятиях, проводимых Президентом Российской Федерации, Федеральным Собранием Российской Федерации, заседаниях Правительства, совещаниях у Председателя Правительства и Заместителя Председателя Правительства, заседаниях правительственных и межведомственных комиссий, советов и оргкомитетов, коллегий федеральных органов исполнительной власти, Высшего Государственного Совета и Совета Министров Союзного Государства, высших органов Содружества Независимых Государств, Евразийского экономического сообщества, Единого экономического пространства и т. д.

Структура центрального аппарата Россельхознадзора включает в себя руководство Россельхознадзора (Руководитель Россельхознадзора, его заместители) и Управления Россельхознадзора. В составе управлений Россельхознадзора создаются отделы.

Структура и штатное расписание центрального аппарата Россельхознадзора утверждаются Руководителем Россельхознадзора (в пределах установленных Правительством фонда оплаты труда и численности работников). В штатное расписание Россельхознадзора включаются должности, предусмотренные перечнем должностей федеральной государственной гражданской службы.

Управления Россельхознадзора обеспечивают деятельность Россельхознадзора и осуществляют свои функции в соответствии с настоящим Регламентом, положениями о них, утверждаемыми Руководителем Россельхознадзора, а также поручениями Руководителя Россельхознадзора и его заместителей.

Согласно п. 1.17 Постановления, начальники управлений Россельхознадзора назначаются на должность и освобождаются от должности в установленном порядке Руководителем Россельхознадзора и подчиняются Руководителю Россельхознадзора и заместителям Руководителя Россельхознадзора в соответствии с распределением обязанностей. Начальник управления Россельхознадзора по вопросам, входящим в сферу ведения управления:

1) осуществляет непосредственное руководство управлением, несет персональную ответственность за выполнение возложенных на управление полномочий, функций и состояние исполнительской дисциплины;

2) взаимодействует (в том числе в письменной форме) с соответствующими федеральными органами исполнительной власти, их структурными подразделениями и другими государственными органами власти, органами местного самоуправления и организациями;

3) обеспечивает рассмотрение и, при необходимости, согласование внесенных в Россельхознадзор обращений, проектов актов и других документов, подготавливает заключения на проекты нормативных правовых актов;

4) участвует по поручению (указанию) Министра или его заместителей, Руководителя Россельхознадзора (его заместителей) в заседаниях Правительства, совещаниях у Председателя Правительства и Заместителя Председателя Правительства, заседаниях правительственных и межведомственных комиссий, советов и оргкомитетов, коллегий федеральных органов исполнительной власти, Высшего Государственного Совета и Совета Министров Союзного Государства, высших органов Содружества Независимых Государств, Евразийского экономического сообщества, Единого экономического пространства, мероприятиях Федерального Собрания;

5) привлекает при необходимости в установленном порядке для проработки вопросов, отнесенных к сфере деятельности Россельхознадзора, научные и иные организации, ученых и специалистов;

6) обеспечивает рассмотрение и подготовку проектов ответов на индивидуальные и коллективные обращения граждан и организаций;

1) утверждает положения об отделах, входящих в состав управления Россельхознадзора;

2) распределяет обязанности между сотрудниками управления Россельхознадзора;

3) представляет предложения о назначении на должность и об освобождении от должности, о повышении квалификации, поощрении сотрудников управления Россельхознадзора и наложении на них взысканий;

10) в соответствии с законодательством Российской Федерации осуществляет иные полномочия и функции, устанавливаемые регламентом Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору, приказами Россельхознадзора и Положением об управлении, утвержденным Руководителем Россельхознадзора.

Заместители начальника управления Россельхознадзора обеспечивают организацию работы по выполнению функций и полномочий управления в установленной сфере деятельности в соответствии с распределением обязанностей между ним и его заместителями, установленным Положением о соответствующем управлении Россельхознадзора. В случае временного отсутствия начальника управления Россельхознадзора его обязанности исполняет один из его заместителей в соответствии с приказом Россельхознадзора (п. 1.19 Постановления).

Планирование и организацию работы Россельхознадзора и его территориальных органов осуществляет Руководитель Россельхознадзора. Россельхознадзор организует свою работу и работу территориальных органов в соответствии с планами и показателями деятельности, утверждаемыми Министром. Планы и показатели деятельности Россельхознадзора и его территориальных органов представляет в Правительство Министр.