Планирование и организацию работы Россельхознадзора и его территориальных органов осуществляет Руководитель Россельхознадзора. Россельхознадзор организует свою работу и работу территориальных органов в соответствии с планами и показателями деятельности, утверждаемыми Министром. Планы и показатели деятельности Россельхознадзора и его территориальных органов представляет в Правительство Министр.

Управление делами Россельхознадзора проверяет соответствие проектов приказов нормам законодательства РФ.