Образование антибольшевицкого Восточного фронта, создание Временного Всероссийского правительства и воссоздание Российской армии сделали необходимыми его имя и популярность именно здесь. В ночь на 18 ноября в Омске произошел военный переворот, выдвинувший Колчака на вершину всероссийской власти. Всероссийский Совет министров настоял на его провозглашении Верховным Правителем России и Верховным Главнокомандующим ее вооруженных сил. Одновременно А.В. Колчак был произведен в полные адмиралы. В феврале 1919 года наступили сильнейшие морозы. Боевые действия замерли на линии Пермь-Уфа-Оренбург-Уральск.

Удерживая наличными силами горные проходы через Урал, адмирал Колчак спешно начал формировать новые части. Остатки поволжской Народной армии были отведены в тыл на переформирование. На севере фронт держала наиболее подготовленная и многочисленная Сибирская армия под командованием произведенного в генералы бывшего офицера Чехословацкого легиона, Георгиевского кавалера Радолы Гайды (Рудольфа Гейделя).

Именно Сибирской армии Гайды предстояло нанести главный удар по красным (от Перми на Вятку-Котлас) для соединения с войсками белого Архангельского фронта. Одновременно с наступлением Сибирской армии в северном направлении планировалось нанесение удара в направлении на Волгу силами Западной армии под командованием генерала Ханжина. В ходе предстоящего военного наступления белым армиям адмирала Колчака предстояло не только восстановить позиции, утраченные осенью 1918 года, но и прорвать большевицкий фронт по направлению к Москве.

Не дожидаясь весенней распутицы, неизбежно замедлившей бы ход наступления, Сибирская армия Гайды перешла в наступление 4 марта. Уже 7 марта действовавший в ее составе 1-й Средне-Сибирский корпус под командованием генерала Пепеляева штурмом взял Оханск. 8 марта 3-й Степной Сибирский корпус начал продвижение на Глазов. 6 марта перешла в наступление и Западная армия генерала Ханжина. 10 марта 2-й Уфимский корпус под командованием генерала Войцеховского выбил большевиков из Бирска. 14 марта 3-й Уральский корпус горных стрелков под командованием генерала Р.К. Бангерского (будущего организатора латвийских добровольческих частей СС в годы Второй мировой, или, если угодно, Европейской Гражданской войны) освободил Уфу от красных.

Апрель 1919 года поистине стал периодом самых блестящих побед Российской армии в русско-советской гражданской войне. Стремительно развивая достигнутый успех, Российской армии удалось отбросить красных за Каму и Волгу. В начале апреля Западная армия генерала Ханжина овладела Бугульмой, Белебеем и Мензелинском. Сибирская армия генерала Гайды освободила от красных Воткинск и Сарапул. Белым казачьим армиям удалось прочно блокировать Оренбург и Уральск. 12 апреля 1919 года адмирал Колчак принял решение о начале общего наступления. По этому плану Сибирской армии Гайды надлежало выйти к Казани и далее на Вятку и Вологду, на соединение с Северной Добровольческой армией генерала Е.К. Миллера. Западной армии Ханжина предстояло выйти к Симбирску и Сызрани, а затем, развивая успех, прорваться на соединение с Вооруженными Силами Юга России (ВСЮР) генерала А.И. Деникина.

Во исполнение директивы Верховного Правителя России, Российская армия начала успешное наступление на Волну. 13 апреля Сибирская армия Гайды освободила от красных Ижевск, а Западная армия Ханжина 15 апреля овладела Бугурусланом. Оренбургская армия полностью окружила красный гарнизон в Оренбурге. К концу апреля 1919 года армии Верховного Правителя России вышли на подступы к Казани, Самаре и Симбирску, освободив от большевиков громадную территорию с важными промышленными и хозяйственными ресурсами и населением свыше пяти миллионов человек. Перед ней открывалась дорога на Москву.

Однако в мае белое наступление начало выдыхаться. В тылу стали вспыхивать подготовленные тщательно законспирированным большевицким подпольем крестьянские бунты. Под Оренбургом части Российской армии потерпели первое поражение. Красные сосредоточили на Восточном фронте мощную группировку войск, перебросив на Восток почти все свои резервы. Вскоре, после ожесточенных боев, в ходе которых красные применили боевые отравляющие вещества (каждый третий снаряд, выпущенный войсками Чапаева и Фрунзе по Уфе, был химическим) белым пришлось вновь оставить Уфу. В июне белым не удалось удержаться на рубежах Уральского хребта. В июле красные прорвались на просторы Сибири. Тяжелейшие бои под Челябинском и Златоустом показали, что большевики готовы, не жалея сил и средств, не допустить прорыва белых армий к Волге.

И все-таки, несмотря на неудачи весеннего наступления, белая армия адмирала Колчака, оставалась все еще вполне боеспособной и страшной врагам. Теперь в ее задачи входило, по сути, оказание поддержки и содействия Вооруженным Силам Юга России генерала Деникина в наступлении последних на Москву путем отвлечения на себя частей Красной армии. В августе 1919 года развернулось сражение на реке Тобол, в котором красным было нанесено тяжелое поражение. В сентябре бои развернулись с новой силой. Было поголовно мобилизовано все сибирское казачество. Спешно формировались добровольческие дружины из чиновников, студентов и гимназистов. Однако, несмотря на все эти поистине титанические усилия, белый фронт в середине октября вновь неудержимо покатился на восток. 1 ноября 1919 года была эвакуирована столица Белой Сибири — город Омск. Адмирал Колчак одним из последних покинул обреченный город. Вместе с Верховным Правителем России следовал особый эшелон, в котором хранился золотой запас Российской империи. Новой столицей был назначен Иркутск. Катастрофа надвигалась неотвратимо.

Падение Омска, в котором большевики захватили огромные запасы оружия, боеприпасов, разнообразного военного имущество и более 10 000 пленных, ознаменовало собой начало знаменитого в истории русско-советской гражданской войны на Востоке России тысячеверстного «Великого Сибирского (Ледяного) похода».

Отходившие под натиском красных армии адмирала Колчака разбились на три группы — Южную, Среднюю и Северную.

Южная группа устремилась по тракту устремилась по тракту Барнаул-Кузнецк-Минусинск.

Средняя группа двигалась вдоль Транссибирской магистрали.

Северная группа отступала вдоль рек севернее Транссиба.

После того, как 29 ноября пришлось оставить Новониколаевск, Главнокомандующим был назначен генерал В.О. Каппель. Верховный Правитель России адмирал Колчак принял план нового Главнокомандующего Каппеля об отводе белых войск за реку Енисей.