Несмотря на то что Беккер состоял в соединениях «Мертвая голова», основной задачей которых была охрана концентрационных лагерей — для этого они собственно и создавались, — сам он к концлагерям отношения не имел. Изначально задачей Беккера была организация подготовки личного состава. Поэтому он и был назначен командиром 9-го штурма штандарта «Верхняя Бавария» (еще его часть иногда называли ротой обучения пополнений — Rekrutenausbildungs-Kompanie), в задачу которого входила подготовка пополнения для всего штандарта, кроме того, ему была поручена организация системы физической подготовки всего штандарта. На Беккера также легла задача фактического создания и затем руководства курсами младшего командного состава (Unterführer-Lehrgang). Несмотря на то что в рейхсвере он был только унтер-офицером и опыта командования воинскими частями не имел, Беккеру удалось в сжатые сроки наладить как подготовку унтер-офицеров, так и значительно улучшить физическую подготовку подчиненных — именно эту цель поставил перед ним Эйке. Высокие результаты были оценены по достоинству, в 1936 году Беккер был произведен в гауптштурмфюреры СС (что соответствовало капитану в вермахте) и назначен командиром 1-го штурмбанна своего штандарта. В этом же году — 9 ноября — он получил еще одно повышение и стал штурмбаннфюрером СС, а 30 января 1938 года стал оберштурмбаннфюрером. В вермахте, даже после того как он одним росчерком пера был увеличен в разы, служебный рост даже отдаленно не походил на то, что творилось в СС.

Беккер был включен в состав подразделения штандарта, которое было использовано в составе немецких войск в ходе операций по аншлюсу Австрии, занятию Судетской области и оккупации Чехии. Его штурмбанн был придан сухопутным войскам как 1-й батальон СС Судетского добровольческого корпуса (Sudetendeutschen Freikorps). Это можно было назвать в определенной степени приобретением военного опыта, хотя и боевых столкновений эсэсовцы и не имели (как, впрочем, и части вермахта). В то же время Беккер и его подчиненные получили опыт марш-бросков в обстановке, приближенной к боевой. Все это оказало большое влияние на боеспособность штандарта.

С началом Польской кампании штандарт «Верхняя Бавария», в который входил штурмбанн Беккера, следовал за регулярными частями вермахта, проводя «зачистку» захваченной территории. Штандарт действовал в зоне ответственности 10-й армии генерала Вальтера фон Рейхенау, то есть в Верхней Силезии. Сведений, принимал ли Беккер участие в этот период в репрессиях против гражданского населения, нет, однако штандарты «Мертвая голова» хотя и не входили в состав эйнзатцгрупп полиции безопасности и СД, однако задачей штандатов было также оказание им помощи. В этом же районе действовала базировавшаяся в Ченстохове эйнзатцгруппа II оберштурмбаннфюрера СС Эмануэля Шэфера и 2-я полицейская группа, которой командовал однофамилец Беккера — генерал-майор полиции Герберт Беккер.

Как уже говорилось в очерке о Теодоре Эйке, в середине октября 1939 года в учебном лагере СС в Дахау начала формироваться дивизия СС «Мертвая голова». Штандарт «Верхняя Бавария» полностью вошел в состав дивизии, и на его основе был сформирован 1-й пехотный полк СС «Мертвая голова» (SS-Totenkopf-Infanterie Regiment 1). Беккер сохранил свой прежний пост и стал таким образом командиром 1-го батальона полка. Его батальон был одним из лучших и наиболее подготовленных в дивизии. Об этом говорит хотя бы тот факт, что из командиров рот батальона только гауптштурмфюрер СС Лёнхольдт (командир 2-й роты) не получил за время войны Рыцарского креста или Германского креста в золоте. Гауптштурмфюрер СС Отто Вильгельм Крон (командир 4-й роты) стал кавалером Рыцарского креста, гауптштурмфюрер СС Адольф Куртц (командир 1-й роты) — Германского креста в золоте, а гауптштурмфюрер СС Иоахим Шубах (командир 3-й роты) получил обе эти высокие награды. Это был лучший показатель среди батальонов полка.

С началом кампании на Западе в мае 1940 года дивизия СС «Мертвая голова» выступила на фронт из своего лагеря, находившегося неподалеку от Касселя. Здесь Беккеру впервые привелось принять участие в настоящих военных действиях.

Первый бой Беккера состоялся 19 мая 1940 года между Ле-Шато и Камбре, где его солдаты вступили в бой с марокканской пехотой. В кровопролитных боях 22-24 мая в районе канала Ла-Бассе Беккер показал себя храбрым командиром и 24 мая получил свою первую боевую награду — Железный крест 2-го класса. Позже Беккер сражался со своим батальоном у Ле-Паради, на Дюнкерском плацдарме, участвовал во взятии Кламси. Беккер был хорошим солдатом и полностью оправдал возлагавшиеся на него Эйке надежды. В числе других офицеров по результатам кампании он за два дня до капитуляции Франции — 22 июня 1940 года — был награжден Железным крестом 1-го класса. Во Вторую мировую войну награды давались намного щедрее, чем в Первую, но все же для того, чтобы получить крест 1-го класса всего через месяц после 2-го, надо было проявить храбрость. И Беккер ее проявил в полной мере, а его батальон считался лучшим не только в полку, но и во всей дивизии.

В апреле 1941 года вместе со всей дивизией батальон Беккера был переброшен в Восточную Пруссию — в предстоящей войне с Советским Союзом ему предстояло воевать на северном участке фронта в составе группы армий «Север» генерал-фельдмаршала Вильгельма Риттера фон Лееба. В июне 1941 года Беккер, занявший теперь пост командира мотоциклетного батальона (SS-Totenkopf-Kradschützen-Bataillon), перешел границу СССР. Перевод на новую должность был повышением: во-первых, Беккер получал часть, находившуюся в подчинении непосредственно командира дивизии, а во-вторых, мотоциклетный батальон был мобильной частью, и задачи которые перед ним ставили, требовали от ее командира опыта и умения принимать самостоятельные решения.

Первый серьезный бой Беккера на советско-германском фронте состоялся только 6 июля 1941 года, когда дивизия «Мертвая голова» начала штурм «линии Сталина» в районе Себежа. Причем с 7 по 15 июля 1941 года он замещал штандартенфюрера СС Матиаса Клейнхейстеркампа на посту командира 3-го пехотного полка «Мертвая голова». В середине августа дивизия «Мертвая голова» была снята с Ильменского направления и после 150-километрового марш-броска 19 августа нанесла удар в тыл наступавшей у Старой Руссы 34-й советской армии комбрига Н.И. Пронина. Через три дня дивизия вышла на Ловать юго-восточнее Старой Руссы, и на следующий день 34-я армия — 257, 259, 262-я стрелковые дивизии, 25-я и 54-я кавалерийские дивизии — фактически перестала существовать. В конце августа — начале сентября 1941 года дивизия «Мертвая голова» форсировала Ловать и Полу и сделала попытку взять Шелгуново и Таганово.

Однако проявить себя как перспективного и стойкого командира Беккеру довелось несколько позже — когда 24 сентября 1941 года войска Ленинградского фронта нанесли удар на Лушно — южнее озера Ильмень. В течение трех дней дивизия «Мертвая голова» отбивала яростные атаки, и именно мобильный батальон Беккера, появляясь на самых проблемных участках, не раз спасал положение на фронте. Но настоящей проверкой для Гельмута Беккера, как и для всей дивизии СС «Мертвая голова», стали затяжные бои под Демянском. 27 октября 1941 года Беккер вновь принял на себя командование 3-м пехотным полком СС «Мертвая голова», теперь уже на постоянной основе.

Попав в января 1942 года окружение в Демянском котле, дивизия «Мертвая голова» оказалась наиболее боеспособным соединением группировки генерала пехоты графа Вальтера фон Брокдорфа-Алефельдта. Фактически с этого момента дивизия как единая сила перестала существовать. Так как необходимость в боеспособных соединениях эсэсовцев была на всех участках, то дивизия была разделена на боевые группы и вела бои на наиболее проблемных направлениях. В марте Беккер был ранен, и с 1 по 15 марта на посту командира полка его замещал оберштурмбаннфюрер СС Генрих Петерсен. Ценой огромного напряжения немцам удалось 22 апреля 1942 года прорвать блокаду и создать Рамушевский коридор, через который окруженцам начали поступать продовольствие, вооружение, боеприпасы и редкие пополнения. Защита коридора от постоянных и яростных атак советских войск, стремившихся восстановить полное окружение, легла на плечи солдат из дивизии «Мертвая голова». Под командованием Гельмута Беккера на базе его полка (с приданными частями) была сформирована боевая группа (Kampfgruppe). Став во главе фактически отдельного соединения, Беккер показал себя хорошим командиром, ему удалось сохранить дисциплину и боеспособность своих подчиненных несмотря на то, что они были сильно измотаны постоянными боями с противником, значительно превосходившим их по живой силе. Боевая группа Беккера до ноября 1942 года успешно отбивала все атаки противника, не дав ему возможность перекрыть жизненно необходимый для окруженной группировки коридор. Заслуги Беккера были высоко оценены командованием, и 26 сентября 1942 года он был награжден Германским крестом в золоте и произведен в штандартенфюреры СС. Несмотря на то, что за бои на Демянском выступе значительное число эсэсовцев из дивизии СС «Мертвая голова» были награждены Рыцарским крестом Железного креста, 3-й пехотный полк в этом отношении особенно не выделился — из подчиненных Беккера этой награды удостоился только командир 3-го батальона штурмбаннфюрер СС Отто Баум (8 мая 1942 года).