Спарта полагалась на свое превосходство на суше: ее гоплиты были наиболее многочисленными и профессионально подготовленными. Афины же безраздельно господствовали на море, имея флот в 300 триер.

Боевые действия начались с того, что фиванцы атаковали союзный с Афинами город Платеи. Нападение не удалось. Многие фиванцы были убиты, а попавшие в плен – казнены. Тогда спартанские войска во главе с царем Архидамом вторглись на землю Аттики. Перикл распорядился, чтобы сельское население укрылось за «длинными стенами», прикрывавшими территорию между Афинами и Пирейской гаванью. Спартанцы опустошили окрестности города, но на осаду не решились. Тем временем афинский флот совершил вылазку к западному побережью Пелопоннеса, но произвести высадку десанта не рискнул. Вскоре Архидам очистил Аттику. Афинская армия воспользовалась этим и захватила Мегару и Эгину.

В 430 году Архидам повторил вторжение в Аттику. На этот раз он осаждал Афины в течение нескольких месяцев. В переполненном беженцами городе начался голод и эпидемия чумы. По некоторым данным, вымерла четверть населения Аттики. Но активные действия афинского флота вынудили спартанцев отступить. Афиняне разрушили несколько городов на побережье Пелопоннеса, взяли пленных. В начале 429 года им удалось после длительной осады захватить Плотидею на Халкидике. Корабли Афин блокировали Пелопоннес, однако для полномасштабного вторжения у афинян не хватало пехоты. Война приняла характер борьбы на истощение. В осажденных Афинах распространились эпидемии. Смерть Перикла, ставшего жертвой чумы в 429 году, привела к обострению борьбы демократической и аристократической партий в Афинах. В 428 году спартанцы опять вторглись в Аттику. Афинянам же удалось взять отложившийся от Афин город Митилена на острове Лесбос. В 427 году пелопоннесцы после двухлетней осады взяли Платеи, уничтожив афинский гарнизон.

Нараставшие тяготы войны и борьба партий побудили афинян попытаться усилить армию и нанести спартанцам поражение на суше. В 425 году афинский стратег Демосфен захватил гавань Пилос на Пелопоннесе и построил там крепость. Спартанцы в ответ высадили 420 гоплитов на острове Сфактерия против Пилоса. Но афинский флот нанес поражение флоту Спарты и ее союзников. В результате гарнизон Сфактерии оказался отрезанным. На остров под командованием главы афинской демократической партии и первого стратега Клеона высадился отряд в 800 афинских гоплитов и 800 пелтастов. Пелтасты – это легковооруженные воины. Главным их оружием были метательные копья – дротики или пращи для метания камней, а также короткие мечи. Доспехи пелтастов состояли из облегченного круглого щита – пелта, а также из шлема и кожаного или холщового панциря. Пелтасты измотали спартанскую фалангу, обстреливая ее дротиками и камнями и быстро отступая при приближении неприятельских гоплитов. В конце концов спартанцы были блокированы в небольшом укреплении и принуждены были к сдаче. В плен попало 292 человека.

Но победа под Пилосом была сведена на нет рейдом спартанского полководца Брасида в северную Грецию. Он выступил с двухтысячным отборным отрядом и вторгся в Халкидику. При Делии в 424 году афиняне потерпели поражение, потеряв не менее тысячи гоплитов. С помощью македонского царя Пердикки Брасиду удалось взять Амфиполь – важнейшую афинскую колонию на полуострове. Афиняне вынуждены были стянуть основные силы во главе с Клеоном к Амфиполю. В 422 году здесь произошла решающая битва. Погибли оба полководца, Брасид и Клеон, а афинское войско было разгромлено.

Силы обеих сторон были истощены, и в 421 году был заключен Никиев мир (по имени главы партии мира в Афинах) на основе довоенного статус-кво. Однако вопреки договоренности спартанский гарнизон остался в Амфиполе, а афинский в Пилосе.

Фактически Никиев мир оказался только перемирием. В 420 году стратегом в Афинах был избран предводитель военно-аристократической партии Алкивиад. Он организовал экспедицию на Сицилию. Захват этого богатого острова должен был подорвать снабжение Пелопоннеса хлебом и принудить Спарту к капитуляции. В 415 году к Сицилии отправился флот из более чем 100 афинских триер. К нему присоединился флот союзников. Афинянам удалось взять город Катану и приступить к блокаде Сиракуз – крупнейшего города Сицилии. Однако в разгар осады Алкивиад был отозван в Афины, где должен был предстать перед судом. Демократы обвиняли его в религиозном кощунстве. Полководец, передав командование Никию, предпочел бежать в Спарту. Тем временем на Сицилии высадилось спартанское войско во главе с полководцем Гисиппом. Оно смогло деблокировать Сиракузы. Спартанцы вместе с сиракузцами атаковали осаждавших. Прибывшая на помощь из Афин эскадра в 75 триер с 5 тысячами воинов во главе с Демосфеном была разбита пелопоннесским флотом. Сухопутные силы афинян и остатки флота вынуждены были капитулировать. Взятые в плен Никий и Демосфен были казнены, а более 7 тысяч афинских моряков и солдат обращены в рабство. Всего же афиняне потеряли более 10 тысяч человек и 200 триер.

Афины еще держались, но после сицилийской катастрофы от них отпали многие союзники: острова Хиос, Лесбос, малоазийский Милет и др. По совету Алкивиада спартанцы в 413 году возвели укрепленный лагерь в Декелее, в 20 км от Афин, и повели блокаду города. В результате постоянных неприятельских набегов оказалось подорвано сельское хозяйство Аттики.

Основные силы афинского флота были направлены к Самосу, чтобы предотвратить переход на сторону противника полисов этого острова. Пелопоннесский же флот укрепился в Милете. Спартанцы заключили договор с персидским сатрапом Тиссаферном, признав суверенитет персов над малоазийскими греками. Персы же предоставили спартанцам субсидии на содержание флота. Пелопоннесский флот был усилен также эскадрами ионийских греков. Противостояние у Самоса было прервано в 411 году олигархическим переворотом в Афинах. Власть перешла к Совету четырехсот, избираемому только 5 тысячами наиболее богатых граждан. Олигархи попытались достичь соглашения со Спартой на основе Никиева мира. Однако спартанцы настаивали на полном отказе Афин от гегемонии на море. В это время афиняне потерпели поражение у Эретрии. Спартанцы заняли Эвбею, которая была богаче Аттики. Правительство четырехсот пало, и власть перешла к Ферамену, выражавшему интересы 5 тысяч наиболее состоятельных граждан. Одновременно Алкивиад перешел на сторону Афин, возглавил флот у Самоса. Ему удалось заручиться поддержкой персов и одержать несколько побед над пелопоннесским флотом. Благодаря этому удалось вновь наладить подвоз хлеба в Афины из греческих колоний на берегах Черного моря. В 407 году Алкивиад вернулся в Афины во главе флота из 200 триер с богатой добычей и пленными. Его сделали стратегом-автократором с неограниченной властью. Но править Алквиаду пришлось недолго.

Персы, обеспокоенные успехами афинян, предоставили новые субсидии спартанцам. Спартанский наварх Лисандр смог нанести поражение афинскому флоту у мыса Нетия. После этого Алквиада изгнали из Афин.

В следующем, 406 году, афиняне одержали свою последнюю крупную победу. Пелопоннесский флот был разгромлен у Аргинусских островов, а его начальник Калликратид, сменивший Лисандра, погиб. В начале боя афинский стратег Конон столкнулся у Лесбоса с основными силами спартанского флота и, потеряв 30 триер, укрылся в Митиленской гавани. Ему на выручку двинулись 110 афинских триер, подкрепленные 40 триерами союзников. У Калликратида было 170 триер, из которых 50 он оставил для блокады Митилены, а остальные двинул навстречу афинскому флоту у Аргинусских островов. Перевес афинян в 30 триер оказался решающим. К тому же флагманский корабль Калликратида был захвачен противником в самом начале битвы, что нарушило управление пелопоннесским флотом. Спартанцы потеряли 77 кораблей, а афиняне – только 25. Однако поднявшаяся буря не позволила похоронить погибших в соответствии с установленным обычаем. За это шесть афинских военачальников во главе с командующим флотом Фрасиллом были казнены.