В качестве объекта своих симпатий Абдулла ибн Саба избрал Али ибн Абу Талиба, который был самым влиятельным и авторитетным человеком в мусульманском обществе после халифа. Кроме того, Али был грамотным человеком, преданным идеалам Ислама, был ближайшим сподвижником и родственником Пророка Мухаммада, мужем его дочери Фатимы и отцом его внуков аль-Хасана и аль-Хусайна. Абдулла ибн Саба говорил о своей любви к Али и вел активную пропаганду в его пользу с целью внесения раскола среди мусульман. Он заявлял, что Али был единственным законным наследником Пророка. Однако, по сообщениям мусульманских историков, после прихода к власти Али этот же человек начал выражать недовольство его действиями и назначенными им наместниками. Начало противостоянию и гражданской войне в Халифате было положено в Куфе, жители которой стали возводить навет на наместника этой провинции Саида ибн аль-Аса. Эти события вошли в мусульманскую историю под названием «фитна», что означает «смута». В Куфе слухи против халифа Усмана постепенно переросли в мятеж. Эти события, произошедшие на десятый год правления халифа Усмана, положили начало дестабилизации политической обстановки в государстве.
В 34 году хиджры группа мятежных куфийцев выступила из Куфы в сторону Дамаска. Однако вскоре они вернулись, а затем отправились в Аль-Джазиру. Там против них принял жесткие меры наместник провинции Абдуррахман ибн Халид ибн аль-Валид. Один из куфийских повстанцев Малик ибн Харис аль-Аштар ан-Нахи был отправлен в Медину. Халиф Усман принял его и позволил ему поселиться там, где тот захочет. Аль-Аштар предпочел снова вернуться в Аль-Джазиру к Абдуррахману ибн Халиду ибн аль-Валиду. В то же время люди Абдуллы ибн Сабы вели активную подрывную деятельность.
В том же году, в сезон хаджа, халиф Усман собрал наместников на совет. Среди прибывших были Муавия ибн Абу Суфьян, Амр ибн аль-Ас, Абдулла ибн Саад ибн Абу Сарх, Саид ибн аль-Ас и Абдулла ибн Амир. Халиф обменялся с ними мнениями по поводу этой проблемы. Некоторые наместники предложили ему послать мятежников на фронт и избавиться от их непосредственного присутствия. Другие предложили дать им материальное вознаграждение и решить этот вопрос таким образом. Третьи предложили применить к ним самые жесткие меры, однако Усман не принял эти предложения.
Когда наместники вернулись в провинции, халиф Усман начал получать еще большие жалобы в адрес наместника Куфы Саида ибн аль-Аса. Куфийцы потребовали сместить Саида с занимаемой должности и послать к ним вместо него Абу Мусу аль-Ашари. Усман удовлетворил их просьбу, и Абу Муса стал наместником Куфы. Однако заговорщиков это не остановило, и они продолжили претворять в жизнь свой замысел. Для ознакомления с положением дел на местах, халиф Усман отправил в провинции доверенных сподвижников. Мухаммад ибн Маслама отправился в Куфу, Усама ибн Зайд — в Басру, Абдулла ибн Умар — в Сирию, а Аммар ибн Йасир — в Египет. Все они приехали с обнадеживающими вестями о том, что положение в провинциях стабильное. Только Аммар, вернувшийся последним, сообщил, что в Египте ходят опасные слухи.
В 35 году из Египта в Хиджаз прибыла группа людей, выехавших под предлогом малого паломничества. В действительности же, они прибыли с намерением предъявить халифу политические требования. Они намеревались войти в Медину и дестабилизировать там обстановку. Прибыв в столицу, они добились аудиенции у халифа, которому они донесли свои жалобы. Усман обратился к ним с речью и воспользовался помощью Али ибн Абу Талиба и Мухаммада ибн Масламы. В ходе переговоров стороны пришли к согласию, и людям было обещано, что халиф займется их проблемами и удовлетворит их требования. Египтяне отправились обратно в свою провинцию, и казалось, что инцидент был исчерпан. Однако мятежники продолжили вести пропаганду среди населения, призывая людей отправиться в Медину с жалобами на своих правителей, чтобы ввергнуть столицу в хаос.
В результате собралось около 600-1000 египтян, к которым должны были примкнуть анархисты из Куфы и Басры. Они отправились в Хиджаз и разделились на четыре группы. Египетских мятежников возглавлял аль-Гафики ибн Харб аль-Кааки. С ними находился и Абдулла ибн Саба. На словах они заявляли о своих симпатиях к Али ибн Абу Талибу и выдавали себя за его сторонников. Куфийских анархистов возглавлял Амр ибн аль-Асам. С ними находился и Зайд ибн Савхан аль-Абди. Басрийских анархистов возглавлял Харкус ибн Зухейр аль-Сади. Вместе с ними был Хаким ибн Джаба аль-Абди.
Мятежники притворились паломниками, чтобы не вызывать подозрений у местных властей. Никому и в голову не могло прийти, что они намерены совершить покушение на халифа Усмана.
Наконец, группы вооруженных мятежников проникли в Медину с трех направлений. Население города выразило недовольство проникновением в город вооруженных группировок. Халиф Усман обратился за помощью к Али ибн Абу Талибу, Тальхе ибн Убейдулле, аз-Зубайру ибн аль-Авваму, Мухаммаду ибн Масламе и другим своим соратникам. Они поддержали его и вместе с ним отправились к мятежникам. Али обратился к ним с требованием вернуться обратно. Казалось, что анархисты согласились с ним и даже решили вернуться. Однако, когда Али и другие представители халифа ушли, они продолжили свое продвижение и окружили дом Усмана. Али срочно прибыл туда и спросил у них о причинах их возвращения. Мятежники ответили, что им стало известно, что Усман отправил послание наместнику Египта, в котором приказал ему казнить всех участников этого восстания. Сын Абу Бакра Мухаммад представил Али письмо Усмана наместнику Египта в качестве доказательства правдивости их слов. Али сказал, что если это дело касается египтян, то почему в осаде дома халифа участвуют и басрийцы и куфийцы? Мятежники ответили, что поклялись быть вместе со своими товарищами. Стало ясно, что эти события были не случайностью, а результатом тщательно спланированной акции.
Вначале осада дома Усмана носила формальный характер. Он мог свободно перемещаться, и к нему свободно могли приходить и другие люди. Однако затем мятежники запретили это делать. Усман вызвал на помощь войска из Дамаска, Египта и Басры под командованием Хабиба ибн Масламы, Муавии ибн Худейджа и Кааки ибн Амра. Во время пятничной молитвы Усман выступил с обращением к восставшим, однако они постоянно перебивали его и мешали ему говорить. Разгневанные сторонники Усмана, собравшиеся в мечети, выступили в защиту халифа, и между сторонами произошел первый конфликт. Противоборствующие стороны забросали друг друга камнями. Сторонники халифа решили вооружиться и дать вооруженный отпор мятежникам, однако Усман запретил им делать это. Затем халиф посетил дома Али, Тальхи и аз-Зубайра. Это был его последний выход из дома, поскольку после этого мятежники не давали ему такой возможности. Даже молитвой стал руководить один из повстанцев аль-Гафики ибн Харб аль-Кааки. Только в присутствии Али или Тальхи он уступал им это место.
Постепенно мятежники ужесточали осаду. Они запретили поставлять в дом халифа воду и продовольствие. В этих условиях друзья халифа отправили к нему на помощь своих сыновей. На защиту халифа Усмана встали Абдулла ибн Аббас, Абдулла ибн Умар, Абдулла ибн аз-Зубайр, сыновья Али аль-Хасан и аль-Хусайн, Мухаммад ибн Тальха и многие другие. Однако Усман категорически запретил им использовать оружие против мятежников.
Наконец, пришло известие о подходе к Медине войск из Сирии. Известие об этом ввергло мятежников в панику, и они решили ворваться в дом Усмана. Однако группа сподвижников, в которой находились аль-Хасан ибн Али, Абдулла ибн аз-Зубайр, Мухаммад ибн Тальха, Марван ибн Хакам, Саид ибн аль-Ас, помешали им. Тогда они устремились к другому входу и подожгли его. Ворвавшись в дом, аль-Гафики ибн Харб аль-Кааки нанес халифу Усману удар по голове и убил его. В его убийстве участвовали также Судан ибн Хамран и Кинана ибн Бишр ибн Утаб. Одному из охранников Усмана удалось убить Судана ибн Хамрана, однако сам он тоже был убит. Затем мятежники подожгли дом Усмана. Это произошло 18 Зульхиджа 35 года хиджры. Халифу Усману тогда было 82 года.
