За отъездом вскоре после того Св. Синода из Москвы в Петербург составленный Филаретом синодальный журнал о русском переводе был послан в Петербург исправлявшему должность обер-прокурора Св. Синода графу А. П. Толстому, не сочувственно относившемуся к делу русского перевода. Последний знал, что не сочувственно к нему относился и не бывший на коронации и в помянутом синодальном заседании Киевский митрополит Филарет. Толстой, вместо поднесения для подписи бывшим на московском синодальном заседании членам Синода и на утверждение Государя, журнал этот препроводил Киевскому митрополиту Филарету, под заглавием лишь простой безъимянной «записки» (а не синодального постановления). К этой «записке» прибавил и свою записку или «рассуждение», в коем доказывалась ненужность и опасность перевода, при знакомстве русского народа с славянским языком, по неудаче дела Библейского Общества и возможности столкновения с греческой Церковью, если бы без официального сношения с нею составился перевод.
Киевский Филарет, не зная истинного значения и происхождения мнимой «записки» и считая ее произведением не раз уже появлявшихся (Павский, Макарий) ревнителей русского перевода, сделал с своей стороны критический разбор предположения о русском переводе и выразил его в следующих семи пунктах: «1) Богу угодно было возвестить Свое слово Израилю на одном только еврейском языке и хотя разговорный у евреев язык с течением времени, особенно после вавилонского плена, значительно изменился, но переводов на него Священных книг не было, а их заменяли раввинские и священнические объяснения, дававшиеся в синагогах. 2) Когда приближалось время пришествия Христова, то Бог предвидя, что евреи отпадут от истинной Церкви, не признав Христа Мессией, и из ненависти к христианам могут испортить ветхозаветные, особенно пророческие, книги, то устроил, что сами евреи перевели ветхозаветные книги на греческий язык, тогда общеупотребительный. Это — перевод LXX толковников, совершенный под руководством Духа Божия, принятый Новозаветной Церковью, отцами и соборами в определении догматов веры. 3) Православная греческая Церковь всегда признавала перевод LXX столь священным и неприкосновенным, что никогда не покушалась перелагать Священные книги на какое-либо другое наречие, хотя разговорный греческий язык с течением времени и стал значительно отличаться от языка перевода LXX. Она даже не употребляла и других древних греческих переводов, напр. Акилы, Феодотиона и Симмаха. Вместо перевода на народные языки отцы греческой Церкви старались для уразумения народом слова Божия объяснять его, причем держались перевода LXX. 4) И доныне греческая Церковь хранит и употребляет лишь один перевод LXX. А известный новогреческий перевод сделан не Церковью и не одобрен ею, а Библейским Обществом в Англии, и так называемая патриаршая грамота, изданная для авторизования этого новогреческого перевода и перепечатанная в 1814 году Библейским Обществом в России, есть подложная грамота, почему при патриархе Григории († 1821 г.) этот новогреческий перевод отвергнут, осужден, отобран и во многих экземплярах сожжен. 5) Когда приспело блаженное время обращения в христианскую веру славянских народов, то Промысл Божий устроил, что и для них были переведены Священные книги на славянский язык не с еврейского, а с греческого LXX толковников, святыми мужами Кириллом и Мефодием под особенным смотрением Духа Божия. Сей перевод предки наши хранили неприкосновенным, как неоцененный дар и благословение свыше, и от них мы приняли его как драгоценное наследие. И какие и сколь много явилось на Руси угодников Божиих при руководстве слова Божия, читаемого на родном нам славянском языке! А между тем никогда предки наши не помышляли о новом переводе, а лишь по временам делали в славянском переводе незначительные перемены в словах или выражениях, как было при Елизавете Петровне, но самый основной текст оставался неприкосновенным. 6) Церкви Болгарская, Сербская и другие у единоплеменных нам славянских народов, оставшихся православными, также хранят у себя неприкосновенным славянский перевод и хотя их народные языки значительнее нашего удалились от славянского библейского языка, не покушаются перевести Священные книги на теперешний свой язык. В этом видно премудрое устроение Промысла Божия: все славянские народы связуются как единством своей веры, так и единством языка, на коем они читают слово Божие и совершают богослужение. 7) Хотя в начале нынешнего столетия и сделан был перевод Нового Завета и Псалтири на русское наречие, но эта мысль родилась не в русской Церкви, ни в иерархии, ни в народе, а в Англии, гнездилище всех ересей, сект, расколов и революций, и принята от Библейского Общества не Св. Синодом, а канцелярией обер-прокурора и министра духовных дел. На этом деле не было благословения свыше: и министерство это вследствие сего уничтожено, митрополит Серафим на него восстал и перевод был остановлен Высочайшей волей, хотя и не было об этом официально объявлено, еще при Александре Павловиче. И Николай Павлович, проникнув политическую цель Английского Библейского Общества, во все время своего царствования не разрешал возобновить сие дело».
Вместо составления нового русского перевода митрополит Филарет предложил следующие меры: 1) Оставив навсегда неприкосновенным славянский перевод, постепенно лишь при новых изданиях по возможности прояснять его заменой неудобопонятных слов и речений более понятными. Например, вместо блюсти будет главу — сокрушит голову (Быт. 3:15), или: вместо отложеная — примиритель (Быт. 49:10). Так поступали в издании славянского перевода при Елизавете Петровне. 2-3) Для составления подобных исправлений нужно образовать в Лаврах особые комитеты из образованных и преимущественно благочестивых лиц под смотрением митрополитов, причем руководиться для Ветхого Завета нужно преимущественно переводом LXX и в самых редких случаях с крайней осторожностью можно обращаться к еврейскому тексту. 4) Необходимо заняться составлением толкований слова Божия для народа, по возможности кратких и удобопонятных. Им можно и академиям заняться, и духовным благочестивым и образованным лицам. 5) Нужно позаботиться о распространении знания славянского языка в русском народе, а для этого издавать азбуки и первоначальные учебники славянского языка для учащихся детей, а также и славяно-русские словари для взрослых из светского общества, мало знающего богослужение и славянский язык.
Получив этот ответ от Киевского митрополита, обер-прокурор представил его Государю вместе с синодальным московским определением, которое выставлено было лишь как единичное мнение Филарета Московского (а все дело являлось лишь «разногласием двух митрополитов») и просил Высочайшего позволения внести оба мнения в синодальное заседание. Государь дозволил внести их в синодальное заседание, но предварительно велел послать на рассмотрение Филарету Московскому. Последний поспешил дать ответ на возражения Киевского своего соименника и неизменного друга, от 21 июля 1857 года. Ответ Московского Филарета состоит из следующих пунктов. 1-2) Мнение, что в славянском переводе все ясно, он находит ошибочным и приложимым лишь к очень малой части Св. Писания, а между тем при распространяющейся образованности малое ведение в существенных предметах веры унижало бы последнюю перед глазами разума и порождало вредные сомнения. 3) Опасение, что славянский язык будет забыт, рассеивается тем, что он остается языком богослужения. 4-5) Что не было у евреев после вавилонского плена переводов и что отцы Церкви советовали читать слово Божие в существующем тексте, а не в новых переводах, зависело от того, что священный текст еврейский для евреев, а греческий для христиан был тогда понятен. Для евреев же рассеяния, не знавших еврейского языка, был сделан перевод на греческий язык, понятный им. 6) Греческая Церковь не помышляет ныне о новогреческом переводе, потому что страдает под игом рабства. 7-8) Угодники Божии являлись на Руси при славянском переводе и наши предки не помышляли о русском переводе, потому что славянский перевод был тогда всем понятен. 10-12) Отвергается предположение, что Св. Синод, митрополит Серафим и Император Николай I осуждали перевод Библейского Общества. Они ему сочувствовали. 16) Мысль, что приходское духовенство свободно понимает всю славянскую Библию и может растолковать ее всякому вопрошающему, не подтверждается опытом. 18) Раскол не может усилиться с русским переводом, потому что раскольники никогда не осуждали православных за домашнее чтение слова Божия. 19-20) Соглашение с греческой Церковью не нужно, потому что это наша домашняя, неизвестная последней, нужда. Славянский перевод остается в церковной Библии и в богослужении и будет единить нас с славянскими Церквами. 23) Постепенное пояснение и замена славянских слов русскими произведет неудобную пестроту и выйдет перевод ни славянский, ни русский. «И римская Церковь, в заключение говорит святитель, разрешает ныне переводы Св. Писания на общевразумительные языки. Кольми паче православная российская Церковь не должна лишать православный народ чтения слова Божия на языке современном, общевразумительном, ибо такое лишение было бы несообразно с учением св. отец, с духом восточно-кафолической Церкви и с духовным благом православного народа». В письме от 18 августа 1857 г. на имя обер-прокурора митрополит Филарет выражал сожаление, что для защиты истины принужден был «вступить в состязание с суждениями досточтимого мужа. Но уважение к истине не должно быть поставлено ниже уважения к лицу…»