Катастрофа! Во всём мире загадочным образом пропал сыр! Кошке-ниндзя Тото предстоит отправиться на тайное задание вместе с младшим братом Сильвером и их лучшим другом Котомордом, чтобы раскрыть это дело и спасти человечество! Тото понадобится всё её искусство ниндзя и помощь друзей, чтобы одолеть таинственного похитителя сыра.