Однажды корабли-призраки, обладающие супер-оружием и названые позже "Туманным флотом", появились по всему миру. Человечество не нашло, что противопоставить этому флоту, и было вытеснено с моря… Семнадцать лет спустя Чихайя Гунзо и команда корабля I-401 (а также персонифицированное воплощение I-401, Иона), по какой-то причине объявили войну "Туманному флоту"…