Akcja powieści toczy się, pomijając ważne retrospekcje, współcześnie, w środowisku znawców, producentów i kolekcjonerów bursztynu. Joanna wpada na trop afery kryminalnej związanej z pięknym okazem jantaru, w którym tkwi tytułowa złota mucha. Z klejnotem łączy się mroczna sprawa zabójstwa sprzed lat. Bohaterka postanawha wyjaśnić, co się kiedyś stało na wybrzeżu Morza Bałtyckiego, tuż obok rosyjskiej granicy. W rezultacie wędruje przez rybackie wioski, Gdańsk i Warszawę tropiąc po swojemu złoczyńców.