Родился в 1891 году в Тюмени в семье польских ссыльных. В 1908-ом окончил Тюменское Александровское реальное училище, а в 1918-ом Казанский университет (медицинской факультет).
С 1921 года работал педиатром в Тюмени и преподавал в фельдшерско-акушерской школе.
В 1922 году назначен главным врачом детской больницы, первой в городе и крае. Годом позже был избран депутатом городского Совета. С тех пор избирался в Совет неоднократно, возглавляя комиссию по здравоохранению.
В 1926 году по инициативе и под председательством С. Карнацевича создается научно-медицинский кружок, позднее преобразованный в научное общество.
С 1935 по 1941 годы организует и заведует детским отделением при городской больнице.
В 1936 году Карнацевич впервые в Тюмени и крае вводит жидкую вакцину новорожденным.
С августа 1941 по октябрь 1945-го — начальник госпиталя. В годы Великой Отечественной войны прошел славный боевой путь от Вязьмы до Кенигсберга и Данцига. В 1945 году назначен главным консультантом всех детских медучреждений Тюмени
Заслуженный врач РСФСР. Кавалер ордена Красной Звезды, имеет три боевых медали, награжден орденом Ленина. Безупречной многолетней трудовой деятельностью в области педиатрии заслужил признательность многих поколений тюменцев. Почетный гражданин города Тюмени с 1966 года.
Умер в 1977 году.
