Юргис Балтрушайтис родился в Ковенской губернии в семье литовских крестьян. Учился в Ковенской гимназии (
1885—
1893) и на естественном отделении
физико-математического факультета Московского университета (
1893—
1898); одновременно посещал лекции на историко-филологическом факультете. Сблизился с
С. А. Поляковым, учившимся на математическом отделении физико-математического факультета, и через него познакомился с
К. Д. Бальмонтом и
В. Я. Брюсовым, позднее с
В. И. Ивановым; друг и почитатель поэта и
композитора А. Н. Скрябина.
В августе
1899 тайно венчался с Марией Ивановной Оловянишниковой (1878—1948), двоюродной сестрой Елизаветы Александровны Дьяконовой (автор «Дневника русской женщины»).
Дебютировал в печати осенью
1899. Вместе с Поляковым,
Брюсовым и
Бальмонтом основал издательство
«Скорпион», деятельность которого началась изданием совместного перевода Балтрушайтиса и Полякова драмы
Генрика Ибсена «Когда мы, мёртвые, проснёмся».
Был сотрудником
альманаха «Северные цветы»,
журнала «Весы». Позднее выступал в газете «Русь», в журналах «Правда»,
«Золотое руно», «Русская мысль», «Русские ведомости», «Заветы» (1912—1914), «Северные записки», в английском журнале «The Mask» (1913).
Член литературного бюро Театра-студии
МХТ (1905), принимал участие в работе Свободного театре во главе с К. А. Марджановым, МХТ, Камерного театра.
Подолгу жил за границей (
Италия,
Скандинавские страны,
Германия).
Афиша вечера А. Н. Скрябина и Ю. К. Балтрушайтиса
Работал в Лито
Наркомпроса (
1918), был председателем Московского Союза писателей (
1919), участвовал в работе издательства
«Всемирная литература».
С
1920 представитель (вначале формально советник так и не назначенного представителя)
Литовской Республики в Москве, с 27 апреля
1921 в ранге поверенного в делах (chargé d’affaires), с
1922 — чрезвычайный и полномочный посол. Одновременно представитель Литвы в
Турции (
1932) и
Персии (
1933). Содействовал выезду за рубеж деятелей русской культуры.
Почётный доктор
Университета Витовта Великого в
Каунасе (
1932).
В апреле
1939 уехал из России, получив назначение советником посольства Литвы в
Париже. В Париже, куда раньше переехал его сын
Юргис Балтрушайтис-младший, историк искусства, прошли последние годы жизни. Умер в Париже, похоронен на кладбище
Мон Руж.