Сын почтмейстера. Учился в Кронштадтской гимназии и
Петербургском университете, где и окончил курс по историко-филологическому факультету; был оставлен при Университете для приготовления к профессорскому званию. Занимается преподаванием истории в средних учебных заведениях, а с
1891 г. читает лекции в
Александровском лицее по русской истории. Первый печатный труд Мякотина — «Крестьянский вопрос в Польше в эпоху её разделов»,
1889. Для «Биографической библиотеки Павленкова» Мякотин написал биографии
Мицкевича (
1891) и протопопа
Аввакума (
1893). Важны основанные на архивных материалах, которые автор долго изучал в Киеве, Чернигове, Харькове и Москве, специальные работы: «Прикрепление крестьянства левобережной Малороссии в XVIII ст.» («Рус. Богатство»,
1894) и «К истории Нежинского полка» (составленный по поручению Академии наук разбор книги А. М. Лазаревского: «Описание старой Малороссии»,
1896). Участвовал в периодической прессе (в частности, «Профессор сороковых годов» [Т. Н. Грановский], «Русское богатство»,
1896) и в
Энциклопедическом словаре Брокгауза и Ефрона («Казачество» и мн. др. статьи по русской истории).
С
1897 по
1902 поместил ряд исторических и публицистических статей в журнале «
Русское богатство». С марта
1900 по декабрь
1904 вёл «Хронику внутренней жизни» в том же журнале. В
1902 издал книгу «Из истории русского общества», в состав которой вошли разные его исторические статьи, большей частью из «Русского богатства». В апреле
1901 был арестован по обвинению в политическом преступлении и после двухмесячного тюремного заключения выслан из Петербурга, с воспрещением жить в столицах и университетских городах, а в
1903 выслан на 3 года под надзор полиции в
Новгородскую губернию, где и был водворён губернатором в городе
Валдае. В ноябре
1904 освобождён из-под надзора полиции и вновь вернулся в
Петербург. Состоял одним из членов редакции «Русского Богатства».
8 января 1905 года, накануне событий
«Кровавого воскресенья», вошёл в состав депутации из представителей интеллигенции, посетившей министров
С. Ю. Витте и
П. Д. Святополк-Мирского с просьбой не применять военную силу против демонстрантов. Депутация успеха не имела, и после разгона рабочего шествия, 11 января, Мякотин вместе с другими её членами был арестован и заключён в
Петропавловскую крепость. Входил в либеральный «
Союз освобождения», был одним из редакторов оппозиционной газеты «Сын отечества». В конце
1905 года сотрудничал в газете эсеров «Революционная Россия». В мае — июне 1906 года один из самых острых критиков
Государственной думы I созыва на многочисленных митингах в Петербурге
[1]. Осенью
1906 года — один из основателей
Партии народных социалистов.
В
1911—
1912 отбывал заключение в Двинской крепости (ныне
Даугавпилс). В
1917 году избран председателем ЦК
Трудовой народно-социалистической партии. В
1918один из создателей и руководителей
Союза возрождения России. В
1920 арестован, содержался в
Бутырской тюрьме. В
1922 выслан из России. Жил в
Берлине,
Праге, затем в
Софии. С
1928 года преподавал в
Софийском университете.