Юрий Иванович Погодин внёс значительный вклад в развитие системы здравоохранения в Российской Федерации, в том числе в Вооружённых Силах. В 1991–1993 годах он руководил факультетом руководящего медицинского состава Военно-медицинской академии имени С.М. Кирова. В 1993–1999 годах – первый заместитель начальника ГВМУ Минобороны России, в 2000–2008 годах – начальник мобилизационного управления Министерства здравоохранения.
С 2003 года Юрий Иванович возглавлял кафедру мобилизационной подготовки здравоохранения Российской медицинской академии последипломного образования, являлся председателем совета объединения ветеранов военно-медицинской службы.
Награждён орденами «За военные заслуги», Почёта, «За службу Родине в Вооружённых Силах СССР» III степени.