По условиям русско-турецкого соглашения в мае 1800 г. острова становились независимой федеративной республикой; она находилась под покровительством царя и выплачивала ежегодную дань Высокой Порте. Когда возобновилась война между Англией и Францией, поначалу казалось, что независимость нового государства не пострадает. Но Наполеон по-прежнему бредил идеей завладеть Корфу, и, согласно дополнению к Тильзитскому договору — он и царь подписали его на пароме посреди реки Неман в июле 1807 г., — острова были переданы Россией под покровительство Франции. Годом позже последовал еще один удар по самолюбию британцев, когда Франция заняла Капри: главнокомандующий Средиземноморского флота лорд Коллингвуд, узнав от нескольких купцов с Кефалонии и Дзанте, что островитяне горят желанием вновь обрести независимость, решил отомстить, захватив как можно больше островов Ионического архипелага. Значительные силы, отплывшие в 1809 г. с Сицилии, с легкостью заняли Кефалонию и Дзанте, Итаку и Киферу, но Корфу обладал слишком мощными укреплениями, и его нельзя было взять штурмом. Единственной альтернативой представлялась блокада, обернувшаяся почти что фарсом: в ней участвовало только два маленьких фрегата, и стоило им скрыться из виду, как французские лодки пересекали пролив, приставали к албанскому берегу и возвращались, нагруженные всем необходимым. Так в течение следующих шести лет военные представители двух держав, притом что страны эти оставались «на ножах» в Европе, проводили сходную мирную политику на островах, часто на виду друг у друга.

Обеим сторонам нелегко давалось управление местными жителями. В этих краях кровная месть оставалась нормой жизни, ежедневно совершались убийства, везде царили невежество и суеверия. Английский путешественник сообщает, что когда губернатор Кефалонии попытался внедрить на острове разведение картофеля, «некоторые священники потрудились убедить крестьян, что это то самое яблоко, коим змий соблазнил в раю Адама и Еву». Постепенно, однако, они оказались побеждены, и к марту 1811 г. майор Ричард Черч успешно сформировал на Дзанте соединение, названное им первым греческим полком легкой пехоты герцога Йоркского. Второй полк, сформированный на Кефалонии (офицерский состав был представлен исключительно греками), принял участие во взятии Паксоса в феврале 1814 г. Хотя оба полка были распущены по окончании наполеоновских войн, многие греки, служившие в них офицерами и солдатами, впоследствии успешно применили свой опыт в качестве лидеров греческой войны за независимость; упомянем прежде всего знаменитого Теодора Колокотрониса, который на всех портретах, будь то картина или скульптура, неизменно изображался в британском шлеме.

В ноябре 1815 г. полномочные представители Британии, Пруссии, России и Австрии пришли к соглашению, что Ионические острова отныне должны стать независимым государством под покровительством Британии и под управлением британского верховного комиссара. Через месяц занять этот пост прибыл тогдашний губернатор Мальты сэр Томас Мейтланд. Сэр Чарлз Непир, служивший под его началом, описывая его как «неотесанного старого деспота… невыносимо грубого и резкого» в обращении, «чрезвычайно нечистоплотного», «вечно пьяного и окруженного доносчиками». Однако несмотря на эти недостатки, а также на шотландский акцент, который делал его речь непонятной как для жителей Корфу, так и для его соотечественников, «Король Том» правил островом твердой рукой последующие десять лет и неожиданно показал себя просвещенным губернатором.

Тем временем на континенте, в лежащей за проливом Албании, начала разворачиваться куда более зловещая драма. Она разыгралась из-за амбиций номинального турецкого правителя города Янины, некоего Али-паши. Байрон, посетивший его в 1809 г., писал:

В начале своего жизненного пути Али был разбойником, и, по сути, им и остался. В молодости он и его последователи установили в Албании и Эпире нечто вроде царства террора. Стремясь сокрушить его, османские власти делали все, что могли, но ему вновь и вновь удавалось перехитрить или победить их, пока наконец в отчаянии они не решили подкупить его, пожаловав ему высокий пост. Он стал губернатором Янины еще в 1787 г.; используя эту, так сказать, стартовую площадку, он и его семья распространили свою власть буквально на всю Албанию и Грецию, за исключением Аттики и самих Афин. Али также преобразовал свою столицу. Янина всегда была красива; она расположена в живописном месте в горах, близ озера. Он улучшил дороги, учредил ежегодное проведение двух ярмарок, построил караван-сараи для купцов и даже выкопал судоходный канал. Его роскошный дворец мог похвастать самыми большими гобеленами на свете (прежде они висели в Версале).

Переменчивая судьба Ионических островов всегда интересовала, а иногда и заботила Али. В те годы, когда ими владела Венеция, она также контролировала четыре главных города на близлежащем побережье континента: Бутринт (ныне в Албании), расположенный прямо напротив Корфу; Превезу и Воницу, фланкирующих вход в залив Арта, и Пергу, находящуюся неподалеку от Паксоса. Когда в 1807 г. эти острова перешли под власть Франции, Али занял первые три города прежде, чем кто бы то ни было успел остановить его; однако русские, державшие в Перге сильный гарнизон, передали ее Франции в соответствии с условиями соглашения. Местное население, не любившее французов, поначалу не имело иной возможности, кроме как примириться с ними и налаживать отношения в меру сил, однако когда звезда Наполеона начала клониться к закату, они подняли британский флаг и обратились к британцам с просьбой о поддержке. Так и случилось, что 22 марта 1814 г. небольшие силы англичан взяли власть над городом. Теперь все должно было идти благополучно, но, к несчастью, когда на следующий год Венский конгресс передал Ионические острова под защиту Британии, для городов на побережье было специально сделано исключение: их отдали туркам с оговоркой, что любому жителю Перги должно быть разрешено перебраться на острова в соответствии с его желанием.

Если бы конгресс оставил дело в таком виде, большинство пергиотов, вероятно, не сдвинулось бы с насиженных мест, однако он пошел еще дальше, уточнив, что османское правительство должно выплатить компенсацию всем эмигрантам за собственность, которую те оставят на континенте. В результате все предпочли уехать, и турки, столкнувшись с необходимостью громадных компенсационных выплат, предложили Пергу Али. В конечном итоге размер суммы определили в 150 000 фунтов стерлингов; Али выплатил ее в соответствии с условиями соглашения, и в 1819 г., в Страстную пятницу, примерно 3000 пергиотов, взяв с собой иконы, священные реликвии и даже кости предков, пересекли пролив и перебрались на Корфу, где разделили деньги между собой. Они были безутешны, а их история стала одной из величайших легенд о страданиях греков под властью турок. Чрезвычайно редко отмечается, что они покинули свои дома добровольно и получили за это компенсацию, а также то, что, останься в Перге, они жили бы не хуже, чем население соседних городов, которым было отказано в возможности уехать.

Но Али-паша не успел насладиться своим новым приобретением. В феврале 1820 г. произошло покушение на убийство одного из его родственников, некоего Измаила-паши, который навлек на себя его неудовольствие и бежал в Константинополь; следы привели к Али, и султан Махмуд II получил шанс расправиться с ним, чего так долго ждал. Он назначил Измаила правителем вместо Али, дал ему маленькую армию и приказал довершить остальное. Той же осенью, когда войска Измаила приближались к Янине, Али поджег город и отступил в свою цитадель, расположенную на вдававшемся в озеро мысе и дополнительно защищенную широким рвом. Здесь он, казалось, мог держаться бесконечно, но в январе 1821 г. в условиях патовой ситуации Махмуд сместил Измаила и заменил его куда более способным Хуршид-пашой, правителем Мореи. Хуршид, видя, что от разнородной армии Измаила ничего ожидать не приходится — она состояла из отрядов, каждый из которых действовал на свой лад под командованием собственного паши, — потратил следующее лето на то, чтобы привести ее в порядок; затем, в начале 1822 г., пробился в цитадель. Существуют различные истории о том, как Али встретил свой конец; через несколько дней его голову, воздетую на пику, выставили на всеобщее обозрение в Янине, а затем с триумфом отправили в Константинополь.